内部审计对高校的贡献越来越得到广泛的认同,但其潜力尚没有充分挖掘出来,分析其原因,主要是还存在一些制约高校内部审计有效运行的因素,本文对此进行了初步的研究,希望找到一些方法来消除或减少这些因素所带来的不利影响,从而进一步提升高校内部审计运行绩效,拓展内部审计的价值空间。高校内部审计运行绩效决定于高校内部审计体制与机制、审计行为、审计资源及审计冲突。在当前和今后一段时期内,“校长领导,审计机构独立设置”是高校内部审计的最佳领导体制,内部审计人员管理体制表现为高校直接管理和政府教育行政主管部门、内部审计职业团体间接管理双重管理模式,内部审计规范管理体制主要包括审计法律(规)、内部审计规章、内部审计准则、高校内部审计规定类规范和内部审计职业道德规范。高校内部审计运行绩效的内(外)在机制,在根源上取决于激励力、创新力、约束力以及审计关系人之间的相干耦合性、高互动性。在科学、先进的体制和充分、完备的机制前提下,高等学校应进一步优化审计管理行为、审计业务操作行为和审计职业道德行为,在服务观、资源观、系统观、信息观和控制观等一系列审计观念的引领下,不断优化审计方法和审计心理,有效加强情绪管理,建立健全审计质量控制体系。审计资源总量、质量及其配置是研究高校内部审计运行绩效必须回答和解决的问题,学校高层管理者和内部审计机构应在不同时期,用不同方式和途径合理配置和有效利用审计资源。审计冲突是影响高校内部审计运行绩效一个既现实又普遍的问题,高校内部审计机构应更多地从自身角度出发,不断分析冲突的原因,并采取各种有效方式加强冲突管理。