在生物界中线粒体假基因和线粒体异质性都是普遍存在的。如果这两者未被识别出来,将会对依赖线粒体DNA序列的系统发育学以及系统地理学研究产生威胁。尽管线粒体假基因和异质性在不同物种中都很常见,然而很少有研究在种内的水平上去探究其发生的频率和变化。在本次研究中,我们发现在中华菊头蝠线粒体控制区域中线粒体假基因和异质性均有出现。我们从18只蝙蝠中总共得到123条序列,包括两个不同的线粒体假基因类群(即Numt-1和Numt-2)和一个线粒体类群。Numt-1和Numt-2两个类群之间的序列差异为16.8%,并且在四个中华菊头蝠分类群中均能找到这两个线粒体假基因类群。这表明有两种可能的解释,一为在同一来源的分类群中有两次古老的线粒体DNA转移到细胞核中的转移事件,二为在中华菊头蝠分化成不同的宗系之前只出现一次转移事件,但是在不同来源的分类群中发生的。在线粒体DNA类群中,四个中华菊头蝠分类群的系统发生关系和之前的研究结果一致。基于PCR的比较,在几乎所有的中华菊头蝠个体中都能检测到在序列变异上的线粒体异质性。我们之前的研究发现中部和西部的中华菊头蝠存在线粒体DNA渐渗杂交的现象,和之前的研究一致,在这两个分类群控制区域中的重复序列显现了类似的信号。我们的研究强调了在将线粒体DNA标记应用于系统发育学研究中时,检测线粒体假基因和线粒体异质性存在的重要性。