生物信息技术作为当今生命科学的重大前沿领域之一,为人类在新药发现与开发、疾病治疗、农业、生物进化、基因组学、蛋白质组学等生物学理论和应用领域带来了不可估量的作用,世界各国对生物信息技术的研究均投入了大量的人力、物力和财力。然而,生物信息技术研究成果的知识产权保护存在着保护模式不明确以及产权不清等诸多问题,使得国家和企业的资金投入较难获得应有的回报,成为制约生物信息技术进一步快速发展的瓶颈。本文通过对生物信息技术自身特点的分析,结合知识产权理论及国内外生物信息技术知识产权研究现状,对生物信息技术知识产权保护做了全面分析和研究。通过理论研究和实证分析,得出以下结论:首先,通过对作为生物信息技术领域中重要组成部分的生物信息数据库自身特点和现有数据库保护模式的分析,提出了对生物信息一级数据库和二级数据库采取不同的保护策略的观点。即主要对二级生物信息数据库采取知识产权保护,而对一级生物信息数据库则采取以数据共享方式投放到公共领域的策略。并利用冲突分析方法讨论了一级数据库管理者、二级数据库管理者、最终用户、政府在这一利益冲突中可能采取的各种策略。研究结果表明,针对价格敏感用户,主要是科研用户时,在政府财力有限的条件下,仍然需要给予生物信息数据库开发者尤其是一级数据库开发者以一定的补贴。而在针对价格不敏感用户时,政府不给予任何财政补贴,也能使生物信息数据库系统运行良好。本论文通过传染模型分析了生物信息数据扩散的过程,并提出了政府应当针对生物信息数据扩散的不同阶段,采取不同的财政补贴政策的建议。其次,探讨了适合生物芯片的知识产权保护模式。通过研究发现,目前生物芯片专利纠纷较多的根本原因在于生物芯片专利技术中涉及的基础性专利较多,其较为可行的知识产权保护模式是构建各种不同的行业事实标准生物芯片专利池。为生物芯片构建行业事实标准专利池,不仅可以解决生物芯片领域目前出现的频繁的专利纠纷,而且可以促进生物芯片产业的发展。再次,本论文探讨了蛋白质组学相关保护客体的知识产权保护模式,对蛋白质三维结构的知识产权保护问题进行了重点研究,并设计了蛋白质三维结构数据的知识产权保护模式。通过研究发现,蛋白质三维结构中重要的蛋白质三维结构数据较难采用专利和版权等知识产权保护模式,笔者根据蛋白质三维结构数据自身的特点并结合数据库特殊权利的保护内容,设计了蛋白质三维结构数据的特殊权利保护机制,在保护内容和权利上给出了相关建议。最后,本论文还探讨了我国生物信息技术知识产权保护内容。通过对我国目前生物信息技术知识产权保护现状分析,并结合我国生物信息技术发展特点,探讨了适合我国国情的生物信息技术知识产权保护策略。