非特指型外周T细胞淋巴瘤microRNA表达检测及靶基因预测分析

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背景和目的:非特指型外周T细胞淋巴瘤(PTCL-NOS)是一组起源于胸腺后成熟的T细胞、具有高度侵袭性的恶性肿瘤;大部分发生于淋巴结,在形态学、免疫表型、遗传学和临床等方面都存在一定的异质性。目前,PTCL-NOS病因和发病机制不明,且其病理诊断和临床治疗都很困难。microRNA(miRNA)是一类长度为18-25个核苷酸的单链非编码微小RNA,具有高度遗传稳定性,其主要通过与靶基因mRNA的3′非编码区(3′UTR)结合使mRNA降解或抑制其翻译,从而在转录后水平调控基因表达。近年来,已有研究报道miRNA异常与淋巴造血系统肿瘤的发生、发展等密切相关,使人们对淋巴造血系统肿瘤的发生机制、诊断、预后和治疗有了新的认识。但非特指型外周T细胞淋巴瘤中miRNA研究鲜见报道。因此,本研究目的旨在分析PTCL-NOS肿瘤组织中miRNA的表达情况,探索其分子改变特征。方法:采用TaqMan MicroRNAArray(A+B)芯片检测6例PTCL-NOS和3例反应性淋巴组织增生石蜡包埋组织中miRNA表达情况,筛选差异表达miRNA,并应用实时定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)对其中3种差异表达miRNA在28例PTCL-NOS中验证表达谱结果;应用计算机预测算法预测差异表达miRNA靶基因;并进一步采用生物信息学方法分析靶基因所属显著信号传导通路(Pathway)分类和显著基因本体(Gene Ontology,GO)分类。结果1.组织病理形态学特点,28例PTCL-NOS标本,其中男性15例,女性13例;年龄12~80岁,中位年龄62岁;原发于淋巴结内者21例,结外7例。淋巴组织反应性增生13例作为对照。HE染色切片中,28例PTCL-NOS主要形态学改变:肿瘤细胞呈弥散浸润,淋巴结构破坏;瘤细胞形态多样,异型性明显,多数细胞中至大淋巴样细胞;核呈多形性、不规则,核仁明显,染色质多或泡状,部分病例可见透明细胞和R-S样细胞;伴有多形性炎性背景:混杂有小淋巴细胞、嗜酸性粒细胞、浆细胞、大B细胞;肿瘤间质血管增生明显,主要为分支状高内皮小静脉;免疫表型:28例PTCL-NOS的肿瘤细胞均不同程度表达CD3,Ki-67阳性率在10%~90%之间。2. mircoRNA芯片分析和qRT-PCR验证结果显示:8种表达显著差异的miRNAs,包括7种高表达(miR-886-3p,miR-511,miR-1291,miR-572,miR-27a-3p,miR-25-3p,miR-886-5p)和1种低表达(miR-182-5p);(P<0.01,FDR<0.05,除hsa-miR-886-5p(15)外)。选择3种miRNA (miR-1291,miR-511,miR-572)作为对象,应用qRT-PCR进一步在28例PTCL-NOS肿瘤组织(包含用于芯片分析的6例)中验证其表达量,结果这3种miRNA表达均上调,其中miR-572上调具有统计学意义(P<0.05)。3.生物信息学分析结果:miRanda软件预测靶基因11265个,TargetScan预测3272个;两个软件预测靶基因的交集基因1646个。基因本体(Gene Ontology,GO)分析和信号通路分析(Pathway-anlysis)结果提示基因功能显著分布在63个功能区域,靶基因分布的显著信号通路有61条,其中显著GO分析提示靶基因功能主要富集在器官的发育、代谢过程,细胞分裂、分化、胞内信号传导、蛋白合成等功能上。Pathway显著性分类提示:靶基因参与的显著信号通路有丝裂原激活的蛋白激酶信号通路(MAPK signaling pathway)、癌症通路(cancerpathway)、Wnt信号通路、血管生长因子信号通路(VEGF signaling pathway)、转化生长因子β信号通路(TGF-β signaling pathway)、细胞粘附分子(Celladhesion molecules, CAMs)等。结论:1.本实验采用石蜡包埋组织,对PTCL-NOS和炎性反应增生的淋巴结组织进行研究分析显示,与炎性反应增生的淋巴结组织相比,PTCL-NOS肿瘤组织中存在8个显著差异表达的miRNAs,其中miR-886-3p,miR-511,miR-1291,miR-572,miR-27a-3p,miR-25-3p,miR-886-5p上调、miR-182-5p下调。该表达差异的miRNA可用于区分PTCL-NOS与反应性淋巴组织增生;这些miRNAs可能参与该肿瘤发生发展的分子调控,其意义有待于进一步探讨。2.生物信息学分析预测,PTCL-NOS中异常表达miRNAs涉及多种靶基因和信号传导通路,其功能分析结果为下一步miRNA的深入研究提供一定的理论基础。
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