委托代理关系是随着所有权与经营权的分离而产生的，既然存在委托代理关系，也就存在代理问题，为了防止代理问题的产生，降低代理成本，公司治理结构和内部控制制度需要同时存在。内部控制怎样才能最有效可以从五个方面来评价，分别是合理保证企业的合法经营、财务信息的真实完整、资产的安全，提高公司经营效率，促进企业实现发展战略。许多国内外财务舞弊和公司破产失败的案例表明，公司内部控制失效的根本原因在于公司治理结构存在缺陷。近年来随着民营企业队伍不断壮大，民营企业所反映的问题也越来越多。2011年国美电器黄光裕与陈晓控制权之争，使得民营上市公司的治理问题再次成为研究的焦点。本文选取2009-2011年度1043家中小板民营上市公司样本数据进行实证研究，选取董事会规模、独立董事占有比率、监事会规模、专门委员会的设立个数、年度股东大会股份出席率、股权集中度、董事会领导结构和董监高前三名薪酬总额作为代表对内部控制有效性有影响的公司治理结构的解释变量，通过主成分分析、变量的描述性统计、单变量分析及多元线性回归等方法的运用，实证研究公司治理结构对内部控制有效性的影响。研究发现：董事会规模、监事会规模、独立董事占有比率、专门委员会的设立个数、年度股东大会股份出席率与内部控制有效性有显著的正相关关系；股权集中度、董事长与总经理两职合一与内部控制有效性有显著的负相关关系；高管薪酬与内部控制有效性没有显著的相关关系。本文对实证研究结果进行了深入地分析，认为公司治理主要侧重于处理约束、监督与激励问题，内部控制侧重于控制企业决策与执行、以及具体经营活动。现代企业应把两者植于企业防范体系之内、融入企业日常经营管理体系之中，降低公司治理成本，充分发挥内部控制的整体功能和有效性。本文最后从优化公司治理结构角度提出建立职责分明、独立有效的董事会；强化独立董事职责；明确监事会个人的权利与义务，强化监督力度；建立合理制衡的股权结构的对策建议。本文主要的创新点是，专门研究中小板块民营上市公司的情况，而且计算内部控制有效性时考虑了资产安全性目标，并用资产减值损失和资本保值增值率表示。