本论文主要研究了毛细管电泳在核酸分离分析中的一些应用，其中包括毛细管电泳DNA片断分析中双功能筛分介质的研究和建立一种毛细管电泳分离定量循环血DNA的方法。 在毛细管电泳双功能DNA筛分介质的研究中，合成了两种用于DNA片断分析的高效分离介质聚N,N-二甲基丙烯酰胺（PDMA）和聚N,N-二乙基丙烯酰胺（PDEA）。使用原子力显微镜、接触角测量仪、动态光散射仪以及电渗流（EOF）的测量，对这两种筛分介质分子在石英表面的吸附形貌、分子的疏水特性、物理参数和其抑制电渗流的能力进行了较为系统的比较和研究，提出了一种双功能DNA筛分介质分子在毛细管内壁的吸附模型。 在毛细管电泳的循环血DNA检测方面，建立了一种快速准确分离定量循环血DNA的方法，并对其可能的临床应用价值进行了初步的探索。实验结果表明这是一种快速准确定量循环血DNA水平的新方法。其检测限为0.5ng/mL，很适合于低浓度的循环血DNA定量。本文用这种方法研究了一定数量的健康人群和少数癌症患者的循环血DNA水平，发现了以前研究者所报道的癌症患者循环血DNA水平异常偏高的情况。