危害国家安全犯罪类案件的管辖冲突，是当前司法实践中普遍存在的。由于对危害国家安全犯罪的关注度下降，此类冲突的研究及解决多年来难有进展。任由此现象自生自灭，与我国司法的法治化努力和进程是背道而驰的，本文试图在分析危害国家安全犯罪职能管辖冲突的基础上，就解决此类管辖冲突的方式方法做初步探讨。 本文共有三个主要部分。第一部分，对危害国家安全犯罪职能管辖冲突的现状，从其表现、成因、特点及后果等四个方面进行了阐述和分析。第二部分，立足解决危害国家安全犯罪职能管辖的合法性基础和合理性要求：首先，对与危害国家安全犯罪职能管辖相关的刑事诉讼法、国家安全法在解决管辖冲突中的地位、作用及存在的问题做进一步分析，得出了危害国家安全犯罪职能管辖在合法性上缺位的结论；其次，对当前司法实践中，不同部门所采用的不同划分标准存在的缺陷进行了分析，得出了其在合法性和合理性上双重缺失的结论；再次，从现有法律的规定、定位及国家安全侦查工作的特点、国家安全侦查机关的现状等几个角度，阐述了对国家安全机关准确的职能定位是解决危害国家安全犯罪职能管辖冲突的合理性前提的观点；最后，从国家安全基本含义出发，在充分考虑其社会性和发展性的基础上，提出了刑事司法中国家安全应有的要素，并在此基础上，以相关犯罪的整体性和内在联系性为立足点，对危害国家安全犯罪中的间谍类犯罪和国家秘密类犯罪，从职能管辖的角度进行了分析，力图从合法性和合理性的层面对危害国家安全犯罪体系进行重构，从而奠定解决管辖冲突的基础。第三部分，在以上分析及结论的基础上，就危害国家安全犯罪职能管辖冲突，从侦查体制改革和立法完善两个不同角度，提出了自己的根本解决之道和现实可行之法，握之关键进行了力所能及的阐述特别就后者从其必须之原则、必要之基础、把关键词:国家安全犯罪职能管辖冲突解决