在我国石斛属Dendrobium Swartz植物有80余种,其中药用石斛有50余种。由于其极高的药用价值,近年来药用石斛产业正在快速发展,成熟的栽培育种技术也应运而生。但同时也出现了非常大的问题,即药用石斛产品以次充好,市场上大量药用石斛产品已失去其原有的有效成分,质量参差不齐,缺乏有效的鉴定手段。铁皮石斛D.catenatum Lindl（D.officinale Kimura＆Migo）和霍山石斛D.huoshanense C.Z.Tang＆S.J.Cheng作为名贵中药材,讲究道地性,传统的通过形态、光谱、色谱进行鉴定的方法难以对这两种药用石斛种源进行鉴定。在分子生物学高速发展的时代,研究者们把焦点转移到对药用石斛的分子鉴定方面,利用基因片段对石斛属植物的种间鉴定取得了一定的进展,但对药用石斛种下水平的鉴定仍难以实现。本研究以收集到的31个种源的铁皮石斛和3个种源的霍山石斛作为样本,利用RAD简化基因组测序技术对两种药用石斛在高通量测序平台Hiseq4000进行测序,通过与参考基因组比对、质控,获得高质量的SNPs数据集,进行系统发育树构建、主成分分析、遗传结构分析和群体分化分析,得出以下结论:1.RAD测序技术获得大量的基因组序列信息,本研究共获得485Gb的Clean data数据,经过比对、控制缺失率20%、过滤后获得688518个高质量SNP位点。2.利用最大似然法构建系统发育树,结果显示除浙江武义、丽水、衢州三个种源地的铁皮石斛混为一大支不能单独分支外,其他绝大部分同种源的不同个体分别聚在一起形成独立分支,且每个种源的分支都具有极高的支持率,同时铁皮石斛种源在系统发育树上的分布与样本地理位置有密切关系。3.通过主成分分析,发现霍山石斛的三个种源均能清楚地被区分开,铁皮石斛中的大多数种源可以被区分开。如在铁皮石斛中,广西石斛种植场（GXSHTPa33）能明显区别于其他种源。4.通过群体遗传结构分析,发现所有样本可以分为4大亚群,其中霍山石斛单独为一个Group,铁皮石斛可分为3个Group,每个Group与分布地有密切关系。5.通过群体分化分析,发现两种石斛在种的水平上遗传多样性较高,不同种源间遗传分化较大,这也进一步印证了本研究对铁皮石斛种源所分的三大Group的合理性。6.建立了两种药用石斛遗传信息数据库,证实RAD简化基因组测序技术在药用石斛种源鉴定上的应用是可行的,同时也为优良石斛种源的选育提供种源数据和技术路线,为药用石斛鉴定技术的开发提供一个新的思路。