应用AFLP(Amplifiedfragmentlengthpolymorphism)技术分析了稻曲病菌(Ustilaginoideavirens)的遗传多样性.从256对EcoRI和MseI引物组合中选择30对扩增分别于2003和2004两年采自北京昌平基地的95个菌株的遗传多态性。试验结果如下：(1)同一块稻田中稻曲病菌菌株间的相似性系数达0.72以上，来自同一小区的菌株多数菌株能聚成亚类。(2)未发现同一水稻品种不同病穗上分离的菌株具有特异性的AFLP谱带，而且来自相同遗传背景寄主的稻曲病菌株未能聚在一组，初步推断稻曲病菌与水稻品种不存在专化性互作。(3)稻曲病菌的聚类结果与寄主的生育期密切相关，推测田间可能存在几个分生孢子产生的高峰期，而且不同高峰期产生的分生孢子在遗传上存在差异。(4)水稻感病时期与稻曲病菌有效接种体大量产生时期的吻合程度是决定当年某一水稻品种发病轻重的关键因子。