基于生信分析构建胃癌腹膜转移预测模型及腹膜转移关键分子FSTL1的生物功能和分子机制研究

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:drg45tg54h4h
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:胃癌(GC)是最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率居于全球前列。尽管目前已有手术、放疗、化疗、靶向治疗等多种治疗策略,但由于胃癌具有易转移的特性,患者的预后仍不乐观。目前大多数胃癌患者在确诊时已处于进展期,且确诊时为进展期的胃癌患者,大多数会在根治性手术后5年内发生肝、淋巴结转移或腹膜转移。在这些转移中,腹膜转移是最常见且致命的转移类型,它常常带来腹水等多种并发症,并且由于化疗抵抗和疾病迅速进展,胃癌的腹膜转移一旦发生,其治疗和干预十分困难,导致胃癌患者的不良预后。然而,目前仍没有能够稳定诊断和预测胃癌腹膜转移的标志物。因此,明确胃癌腹膜转移的机制,建立早期预测腹膜转移的模型已变得十分迫切。材料与方法:1.应用加权基因共表达网络(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis,WGCNA)鉴定与胃癌腹膜转移相关模块。2.应用String数据库(https://string-db.org/)获得蛋白水平相互作用网络。3.应用Kaplan-Meier生存曲线和log-rank检验分析FSTL1高低表达患者生存差异。4.受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)被用来评估FSTL1和PRIs对胃癌腹膜转移诊断的敏感性和特异性。5.应用蛋白免疫印迹(Western blotting)实验检测蛋白表达水平。6.定量实时聚合酶链反应(q RT-PCR)被用来检测m RNA表达水平。7.应用si RNA或c DNA质粒转染技术对目的基因进行瞬时沉默或过表达。8.应用Transwell和伤口愈合实验进行细胞迁移和侵袭能力检测。9.应用腹膜间皮细胞与胃癌细胞的粘附实验检测胃癌细胞粘附能力变化。8.应用裸鼠腹腔种植模型验证FSTL1是否能够在体内促进胃癌腹膜。10.应用全转录组测序进行差异通路和差异表达基因的筛选。11.应用京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomics,KEGG)和基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)分析FSTL1和PRIs相关信号通路。12.应用免疫共沉淀方法检测蛋白与蛋白的直接结合能力。13.应用Spearman相关分析来分析基因之间的相关性。14.应用单一样本基因集富集分析(ss GSEA)算法进行胃癌肿瘤微环境免疫细胞浸润分数估计。15.应用最小绝对收缩和选择算子算法(Least Absolute Shrinkage and Selection Operator,Lasso)算法进行腹膜转移预测模型构建.16.应用列线图(nomogram)结合PRIs和临床参数预测胃癌患者的腹膜转移。17.应用DCA曲线和校准曲线验证nomogram的预测能力和稳定性。18.应用Graph Pad Prism,和R软件进行统计学分析,实验数据为三次独立进行的重复实验的平均值±标准差(SD)。Student’s t用来检验评估两组数据之间是否存在差异。P<0.05认为具有统计学意义。结果:1.WGCNA分析鉴定出8个模块,其中绿松石模块与腹膜转移关系最为密切。2.结合WGCNA和String数据集的结果,共鉴定出11个中枢基因(hub gene)。3.在得到的11个hub gene中,有且只有FSTL1具有稳定的预后价值。4.FSTL1在胃癌患者中高表达并且高表达FSTL1的患者预后不良。5.对GSE62254数据集的进一步分析提示与未发生腹膜转移的患者相比,发生腹膜转移的患者具有更高的FSTL1表达水平。6.FSTL1可作为预测腹膜转移的标志物。ROC曲线提示FSTL1对胃癌腹膜转移的诊断具有极高的敏感性和特异性。7.根据q RT-PCR和Western blotting实验结果,选取FSTL1相对高表达的HGC27和SNU216胃癌细胞系中进行基因沉默,应用过表达质粒在FSTL1相对低表达的MGC803细胞系进行基因过表达。8.FSTL1促进胃癌细胞的迁移与侵袭。黏附实验和伤口愈合实验表明沉默FSTL1后胃癌细胞黏附和侵袭能力减弱,而过表达FSTL1后胃癌细胞黏附侵袭能力增强。9.FSTL1促进胃癌细胞与腹膜间皮细胞(PMCs)之间的黏附。黏附实验表明,沉默FSTL1后特异性黏附于PMCs的胃癌细胞减少,反之过表达则增多。10.体内实验证实,FSTL1促进胃癌腹膜转移。裸鼠腹膜转移模型提示,沉默FSTL1后,裸鼠腹膜内结节数量和质量显著减少。11.FSTL1与细胞外基质-受体相互作用(ECM-receptor interaction),粘着斑(focal adhesion)和PI3K-AKT信号通路相关。结合全转录组测序结果与GSEA,KEGG等生物信息学分析发现以上三个通路与FSTL1显著相关。12.FSTL1参与调节LAMA4的表达。Western blotting结果提示沉默FSTL1后显著下调了LAMA4蛋白水平,反之过表达则上调。Spearman相关性分析显示FSTL1与LAMA4的表达均呈正相关。全转录组测序结果提示沉默FSTL1后LAMA4显著下调。13.FSTL1参与调节LAMA4/integrinβ1/FAK信号通路。Western blotting结果提示沉默和过表达FSTL1后改变了LAMA4的表达水平,但下游integrin家族并没有明显改变,免疫共沉淀实验结果显示LAMA4能够与integrinβ1直接结合,提示LAMA4通过与integrinβ1直接结合发挥作用,但不影响integrinβ1表达,进一步的Western blotting结果提示沉默FSTL1后integrinβ1下游p-FAK表达显著减少。14.不同胃癌患者免疫微环境中免疫细胞的浸润状态是不同的。热图分析提示,不同患者24种免疫细胞的浸润水平是不同的。相关性分析提示24种免疫细胞能够聚成5类,提示他们可能共同参与同一生物学行为。15.与未发生腹膜转移的胃癌患者相比,发生腹膜转移的患者肿瘤免疫微环境具有不同的免疫浸润状态。柱状图分析提示,在24种免疫细胞种,有15种在腹膜转移患者与未转移患者中呈现不同浸润状态。16.PRIs可作为预测胃癌腹膜转移的标志物。ROC曲线提示,在内部训练集,内部实验集,外部验证集中PRIs都具有极高的预测腹膜转移的敏感性和特异性。17.EMT分子亚型,病理分期为III,IV期,劳伦分型为弥漫型的患者具有更高的PRIs,提示它们具有更高的腹膜复发风险。18.PRIs和p Stage是预测腹膜转移的独立风险因素。结合PRIs和临床病理参数的单因素和多因素分析提示有且只有PRIs和p Stage具有独立预测腹膜转移的价值。19.基于PRIs和p Stage构建的列线图可用于预测胃癌腹膜转移。结论:1.FSTL1在胃癌腹膜转移患者的组织中高表达,是胃癌患者预后不良因素。2.FSTL1通过调控LAMA4/integrinβ1/FAK信号通路影响胃癌细胞的侵袭,迁移和黏附等生物学行为促进胃癌腹膜转移。3.FSTL1和PRIs可作为胃癌患者腹膜转移的诊断和预测的潜在标志物。
其他文献
随着短视频直播平台的发展和壮大,网红直播带货成为消费者购物的新形态,然而这一过程中网红带货产品质量差和维权难的问题也不断涌现。本文基于此背景,使用一个三方演化博弈模型研究了网红、短视频直播平台、消费者的三方策略选择与演化,并且进一步讨论了直播网红风险态度变化对带货和选品努力水平的影响。研究发现:随着消费者从网红产品中获得的功能性收益增加,消费者越倾向于选择积极追责,而随着情感收益增加,消费者更倾向
揭示城市水系统与碳排放的内在关系机理,对于推动城市水能节约和水系统低碳运行具有重要的理论和实践意义。本文分析了城市水系统"水—能—碳"关联机理,并构建了城市水系统碳排放的核算体系,采用2008—2017年的统计数据和调查问卷等资料,对郑州市水系统碳排放进行了核算和实证分析,探讨了其"水—能—碳"关联特征,并分析了不同情景下水系统的碳减排潜力。结果显示:(1)郑州市水系统碳排放涉及取水、给水、用水、
近年来,互联网的快速发展催生新的经济发展方式,电商的快速兴起给大学生带来方便的同时也带来各种诱惑,以"双十一购物节"为例,大学生"剁手"现象普遍。本文以河北农业大学为例,从购买商品动机、消费水平状况、消费方式选择状况三个方面进行分析,认为群体压力下的从众、攀比心理和对信贷方式的奉行是造成大学生在双十一普遍"剁手"的主要原因,并从学校、家庭和学生自身三方面提出对策和建议。
随着互联网时代的崛起,电子商务逐渐走进人们的生活,并且成为人们生活中重要的一部分,其中大学生作为网络消费的主力军更是发挥了关键作用。一些网络商家也正是抓住大学生的消费心理,在"双十一"期间采用打折、降价、多买多送等各种促销活动,推动大学生的消费。基于此,本文通过问卷调查的形式,通过描述性统计分析与交叉表分析法探究大学生消费群体"双十一"期间的消费习惯,以及各种网络营销手段对大学生消费行为的影响和心
电子商务的快速发展,形成具有代表性的"双十一"消费。大学生由于所受的教育及所处的环境和他们年龄特有的心理特征,使他们有自己的消费心理。据调查,河南牧业经济学院大学生每年的双十一都会出现超前消费购物的情况;同时以网上购物消费为主,消费倾向多元化;另外,由于他们的消费心理尚未成熟,所以存在盲目的跟风消费,追求时尚潮流和个性,甚至出现攀比等不良消费观念,但是仍有一部分大学生在此期间能够理性购物,科学地对
本文创新性地将中国碳交易政策、碳减排与空气污染物减排纳入统一的分析框架,基于拓展的IPAT-LMDI模型理论剖析碳排放与空气污染物排放的关联特征,进而利用倾向得分匹配-双重差分模型(PSM-DID)就碳交易政策的协同减排效应进行量化分析和内在机制检验。研究发现:中国碳交易政策的协同减排效应主要表现为二氧化碳(CO2)与二氧化硫(SO2)的协同减排;SO2协同减排中直接协同减排效应占比较高,而能效协