以维护自由公平竞争秩序为己任的反垄断法是现代市场经济的基本法律之一,而其功能的有效发挥离不开一个高效运行的执法机构。但我国刚出台的《中华人民共和国反垄断法》并没有规定明确的反垄断执法机构,因此,探讨反垄断执法机构的科学设置及其职责的合理确定具有重大的意义。在分析我国现有的反垄断执法机构后,认为现有的反垄断执法中存在反行政垄断执法机构缺失、执法权被肢解、执法权局限和执法人员素质不高等缺陷,必须重构我国的反垄断执法机构。在重构设过程中,应当遵循独立性原则、精简原则、制衡原则、符合世界反垄断执法体系的发展趋势及适合本国国情和借鉴外国经验相结合的原则、并以这些原则为指导,结合我国国情。那么很显然,在我国现有条件下新设一个权威、独立的准司法机构必将遭遇重重困境,现实的做法是在现有的执法机构中指定执法机构并扩充其职权。考虑到我国的垄断现状及行政垄断与经济垄断的规制方法的不同,应分别设立反经济垄断主管机构与反行政垄断主管机构,在比较国家发展与改革委员会、商务部和国家工商总局的职权和机构目标等因素后,将国家工商总局作为反垄断主管机构是可行的,而反行政垄断执法权则可由国务院“反垄断委员会”行使。在具体的设置中,应妥善解决人员组成、决策机制和权力配置等问题。而且,应当对反垄断主管机构与行业监管机构和产业政策主管部门的关系进行协调。具体而言,就是要在反垄断主管机构与行业监管机构之间应建立协调合作机制,在协调反垄断主管机构与产业政策主管部门的关系时,应坚持反垄断主管机构在经济领域执法的独立性和优先性,同时在二者之间建立协商机制。