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根据1998年—2010年间13个航次长江口及其邻近海域鱼类浮游生物和环境因子的调查数据,分析了春季和秋季长江口鱼类浮游生物群落结构时空变化特征,以及优势种群动态特征,并运用数量生态学分析方法,探讨环境因子对长江口鱼类浮游生物群落的影响程度以及驱动鱼类浮游生物群落变化的环境因子。秋季长江口1998-2009年7个航次共捕获鱼类浮游生物969个(尾),隶属于10目19科33种,以鲈形目种类最多(7科9种)。秋季鱼类浮游生物包括四种生态类型,其中以沿岸型种类最多(12种),其次是半咸水(10种)和近海种类(9种),淡水种类最少(4种)。秋季长江口鱼类浮游生物优势种年度间演替显著,对鱼类浮游生物群落丰度贡献最大的种类包括:半咸水型的矛尾鰕虎鱼(Chaeturichthys stigmatias)和前颌间银鱼(Salanx prognathus)、沿岸型的康氏小公鱼(Stolephorus commersonnii)、近海型的鳀(Engraulis japonicus)和带鱼(Trichiurus lepturus)。2004年以后,长江口鱼类浮游生物种类数量、丰度和多样性均显著高于2004之前的调查航次。ANOSIM分析显示,长江口鱼类浮游生物群落结构年度间差异显著(P<0.05),且2007年和2009年与其他年度差异性最大。可以看出,秋季长江口鱼类浮游生物群落结构呈年度显著变异状态,2004年后长江口鱼类浮游生物群落结构变异最大,多样性呈增加趋势。秋季长江口鱼类浮游生物群落排序分析结果显示,秋季长江口鱼类浮游生物包括三种聚类结构:1)以矛尾鰕虎鱼为优势种的河口组;2)以康氏小公鱼和鳀为主的沿岸组;3)以带鱼为优势种的近海组。在长江口环境因子中,水体表层悬浮物和盐度是驱动不同生态群组的分布的主要环境因子,而长江丰水季的入海含沙量和水体表层叶绿素a是驱动秋季鱼类浮游生物群落时间变异的环境因子。2009年和2010年春季长江口调查共记录鱼类浮游生物2281个(尾),隶属于8目14科19种,包括3种生态类型:沿岸型(8种)、半咸水型(6种)、近海型(6种),未捕获淡水型种类。2010年鳀的优势地位显著升高,2009年以前优势地位较高的凤鲚(Coilia mystus)、松江鲈(Trachidermis fasciatus)已不再是优势种。2009年之后,春季鱼类浮游生物的丰度逐年升高,已显著高于2004年-2007年调查的航次,生物多样性呈现下降趋势,但差异不显著。2009年与2010年鱼类浮游生物群落结构存在显著性差异,鳀和小黄鱼(Larimichthys polyactisa)种群数量变动对此差异的贡献最大。春季长江口鱼类浮游生物优势种鳀主要分布在122°20′E以东的近海区域分布,1999年之后鳀风度呈先降低后升高趋势,鳀卵分布与海水表层叶绿素a密切相关,仔稚鱼分布受海水表层温度、盐度和水体溶解氧的影响。凤鲚主要分布在长江口的河道内,1999年之后丰度有降低趋势,且受水体溶解氧和盐度的影响显著。白氏银汉鱼和淞江鲈主要分布在122°-122°40′E、30°30′-31°30′N范围内,长江口口门附近的沿岸海域,丰度均有降低趋势,淞江鲈丰度与水体悬浮体浓度相关关系显著,白氏银汉鱼丰度则与水体表层盐度、温度和深度存在显著相关关系。