籽用西瓜(Citrullus lanatus ssp. vulgar is var. megalaspermus Lin et Chao.)简称籽瓜,是一种以种子、瓜瓤为主要食用部分的重要经济作物。随着长久种植,栽培面积的日渐增大,复种指数上升,植株上的一些流行的病害渐渐严重,加之长期各地区采取不规范的常规繁种和留种,造成各个栽培地区品种混杂退化,质量下降,产量不稳。因此对籽瓜品种进行系统的鉴定、分类及筛选保留重要的籽瓜种质资源,对籽瓜产业的繁荣发展特别重要。本研究运用表型性状、SSR分子标记相结合的方式分析了来自我国不同区域及国外品种共计50份籽瓜种质样品的遗传多样性和亲缘关系,并从农艺表型性状和DNA分子水平两方面构建核心种质库。主要结果如下：1、籽(西)瓜表型性状的遗传多样性参数显示：39个表型性状的平均变异系数为32.24%,果肉颜色的变异系数最大,为75.88%,果实发育期的变异系数最小,仅为6.88%；39个植物学性状的Shannon多样性信息指数平均为5.47,其变幅为2.58-5.64。2、基于表型性状的聚类分析中,野生型和普通西瓜种质各自聚为一类,籽瓜种质聚为一类；主成分分析中,第一主成分主要反映植株的叶片特征,第二主成分主要反映种子特征,第三主成分主要反映果肉颜色和可溶性固形物,而且主成分分析的分类结果与聚类分析基本上一致。3、利用非加权类平均法和优先抽样法,按照70%-10%的抽样比例构建基于表型性状的核心子集。对构建的核心子集在MD%、VD%、CR%、VR%这四个评价参数进行比较。结果抽样比率为20%的核心子集XT20其遗传多样性指数高,且不会失去某些独特性状,因此其对原始群体代表性也最强,可作为基于表型性状的核心种质。4、通过比较核心种质XT20与原始群体在均值、极差、变异系数、方差及遗传多样性指数这五个值上的差别,充分证明XT20更能代表原始群体的遗传多样性。5、从106对随机引物中筛选出31对引物用于SSR标记分析。31对引物共扩增出138个条带,其中多态性条带115条,多态性条带比率为83.33%；随机引物的Shannon多样性信息指数平均为0.4193。6、基于SSR分子标记的聚类分析中,种质间相似系数范围为0.57-0.91,野生和菜用西瓜种质与籽瓜种质亲缘关系较远,而籽瓜种质互相之间的遗传距离很窄；在相似系数为0.657处,50份籽(西)瓜种质可分为6组,野生西瓜种质、普通西瓜种质与籽用西瓜种质被很好的区分开来。基于SSR标记的主成分分析所得的分类结果表明,50份籽(西)瓜种质被分成4组,野籽瓜(a29)和PI542120(a33)单独划分出来分成一组,黑崩筋(a5)独自可分一组,表明这3份种质与其它份种质遗传距离较远,其它47份种质紧密的聚在一起。7、用最小距离逐步抽样法(LDSS)进行构建基于SSR分子标记的核心子集,按照70%-10%的抽样比例共抽样7次,随着抽样种质比重的减少,遗传多样性参数总体上变化较小。有效等位基因的个数变化较小,且抽样20%的子集有效等位基因数量最高。Nei’s基因多样性指数(h)和Shannon’s信息指数(I)均略有增长,而在抽样20%中达到最高值。多态性位点百分率呈现下降趋势,在抽10%下降较明显。综合上述分析,取抽样20%为初级核心种质。可见FZ20能很好的代表原种质遗传多样性。