电子邮件作为一种高效的网络通信技术已经在电子政务工程中得到了广泛的应用。作为政府工作的中坚,政府领导之间往往需要通过电子邮件传达大量机密、敏感信息。本文以甘肃省科技攻关项目——“公安业务系统的身份认证研究”为背景,研究电子邮件系统的身份认证问题以及邮件的安全传输问题。论文的主要研究成果包括：1.分析了现有电子邮件系统使用到的安全技术及其存在的问题,提出将动态口令、指纹识别,以及PKI基础设施应用于电子邮件系统；2.针对电子邮件系统的特点,完善动态口令与指纹识别相结合的双向身份认证方案,加入报文摘要机制,用于验证身份认证信息在传输过程中的完整性,对于用户的密钥采用散列存储方式,解决了用户密钥的泄露问题；3.设计了一种基于PKI的动态口令与指纹识别相结合的涉密电子邮件系统,系统使用动态口令与指纹识别相结合的双向身份认证方案实现对电子邮件系统用户登陆邮箱过程中的身份认证,利用公钥加密技术和数字签名技术保证邮件传输过程中的信息的机密性、完整性和不可否认性；4.用Java技术实现了涉密电子邮件系统动态口令与指纹识别相结合的双向身份认证过程,基于PKI基础设施,提高了电子邮件在传输过程中的安全性；5.经过实验测试,从系统的安全性和性能两个方面对系统进行了分析,指出了系统的可行性和系统在安全性方面的优点,并指出系统在性能方面存在的不足和需要改进之处。