新型农村合作医疗制度是我国政府在经济发展的新时期，针对广大农村居民处于医疗保障真空状态，而设计的一项惠民新制度。在近10年的发展历程中，新型农村合作医疗制度取得了长足的进步，更多的农民可以从中得到实惠。新农合制度的健康发展和进一步完善对农民具有重要的意义。而投入是新农合顺利运行的前提和基础，对新农合的投入机制进行研究，对于完善新农合制度具有一定的理论和现实意义。本文运用理论联系实际的方法、规范分析与实证分析相结合的方法以及实地调研方法等研究方法，以河南省许昌县为例，对新型农村合作医疗的投入机制进行了系统分析。主要形成了以下研究结论：新型农村合作医疗的投入机制主要可以分为投入动力机制、投入决策机制、投入运作机制、投入补偿机制、投入监督机制5个子机制，这5个子机制相互影响、相互联系，共同构成了一个统一整体；河南省许昌县新农合经过7年多的发展，已经构建起一个完整的制度体系，投入机制也在实践中不断完善，农民的投入意愿不断增强，投入决策更加贴合实际，资金投入方式不断改进，补偿比例逐年提高，社会媒体和审计监督发挥了一定的作用；但是许昌县在新农合运行过程中也存在着一定的问题，地方政府的投入动力主要来自于上级政府的压力，投入决策过程不透明，基金管理效率不高，实际补偿水平较低，政府监督没有发挥应有的作用等；应该通过不断完善政府政绩考核体系、提高农民获益程度，提高决策透明度和科学性，完善资金投入和基金管理方式，增强社会媒体、审计力量以及农民的监督权力等方面来不断完善新农合投入机制。