专利制度对一个国家或一个地区经济、社会的进步具有举足轻重的作用。从某种意义上说，专利制度决定了一个国家或地区经济、社会发展的速度。何为最优的专利制度，专利制度是否激励了技术创新活动，是否促进了产业的发展，经济的进步，这些问题一直是国内外学者长期研究的热点，各国也都在对专利制度进行不断的改进和完善。目前我国提出建设创新型国家的战略目标，以七大战略性新兴产业为代表，提高自主创新，加快产业结构优化升级，促进经济、社会快速发展。专利制度作为促进技术创新最有力的制度基础和保证，应首当其冲为促进创新而发挥自己的作用。随着现代生物技术在医药领域取得的突破性进展，生物医药产业将成长为世界上最具成长性的朝阳产业之一，且与我国人民的生活息息相关。目前我国该产业将面临“专利悬崖”的危机，作为国家重点扶持的战略性产业之一，更是要抓住有利发展实时机，突破专利瓶颈，既要带动产业的发展升级，还要造福我国人民。本文正是在这样的背景之下，对我国生物制药产业专利制度创新绩效和经济绩效进行实证分析，指出并分析其中存在的不足之处，最后对我国专利制度及其运行机制的优化提出建议。首先第一章对国内外关于专利制度与技术创新关系的研究情况进行了梳理，描述了各学者对专利制度及专利制度运行过程中存在的问题与提出的解决方案；第二章对各学者主要应用的分析模型与理论进行了详尽的阐述，同时作为后面三章分析的理论基础。第三章主要对我国生物制药产业专利制度创新绩效进行了实证分析，以各指标的定量分析和定性分析分别进行了求证，其中定性分析主要应用因子分析、聚类分析的方法，证明我国专利制度对生物制药产业的专利绩效具有很强的积极的影响作用。第四章主要是求证专利产出与生物制药产业发展状况的关系，即专利制度的经济绩效，通过指标的定量分析以及回归分析，表明两者存在一定的正相关关系。第五章在三、四章分析的基础上，指出我国生物制药产业专利制度在运行过程中表现出来的问题，并加以分析，说明原因，并对专利制度的优化及专利制度运行机制的完善提出了自己的意见或建议。