石磺科贝类属于软体动物门,肺螺亚纲,缩眼目,石磺超科。在我国主要有5属6种,目前研究比较多的主要有4种:紫色疣石磺（Peronia verruculata）、里氏拟石磺（Paraoncidium reevesii）、瘤背石磺（Onchidium struma）和平疣桑椹石磺（Platevindex mortoni）。石磺科贝类的幼虫生活在水中,成体的生活区域分别从浅海到潮间带直到潮上带,呈现出从海洋向陆地扩展的梯度分布状态,其成体的呼吸方式,肌肉组成,角质层形成等的适应性变化逐渐呈现出与两栖类相似的生活习性,可作为研究海洋无脊椎动物向陆地进化的良好材料。开发SSR和SNP分子标记将为研究石磺科贝类的进化关系以及种质资源保护提供基础数据。本文通过Illumina HiseqTM 2000高通量转录组测序技术分别对里氏拟石磺（P.reevesii）和平疣桑椹石磺（P.mortoni）的微卫星分子标记进行开发,对两栖特性明显的瘤背石磺（O.struma）进行了两栖性状特征通路相关基因的SNP分子标记开发,具体方案和结果如下:1,基于Illumina HiseqTM 2000高通量转录组测序的里氏拟石磺和平疣桑椹石磺SSR标记开发为给石磺科贝类系统进化研究和资源保育工作提供更有效的分子标记,使用Illumina HiseqTM 2000高通量测序技术对里氏拟石磺和平疣桑椹石磺进行转录组测序,以所得的拼接序列为基础,利用MISA和SSR Hunter1.3软件进行微卫星序列的查找,对选出的51个里氏拟石磺微卫星位点进行引物设计,经PCR扩增得到单一清晰扩增条带的位点24个,在湛江里氏拟石磺群体中进行进一步检测。结果表明,有14个位点表现多态性。14个多态性位点得到的等位基因数为2⁴,其中观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别为0.031 3⁰.714 3和0.031 3⁰.7084,多态性信息含量（PIC）为0.089 5⁰.640 5,14个位点中的2个位点表现为高度多态性（PIC>0.5）,10个位点表现为中度多态性（0.5>PIC>0.25）,另外2个位点表现为低度多态性（PIC<0.25）。经Sequential Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验,9个位点不偏离平衡（P>0.05）。利用同样的方法对平疣桑椹石磺进行微卫星位点的开发,在湛江平疣桑椹石磺群体中检测共获得多态性位点22个,22个多态性位点的等位基因数在2⁵之间,其中ho和he分别在0.0556⁰.9688和0.0552⁰.8370之间,pic在0.0270⁰.8000之间,其中1个微卫星位点表现为高度多态性（pic>0.5）,5个位点表现为中度多态性（0.5>pic>0.25）,16个位点表现为低度多态性（pic<0.25）。经sequentialbonferroni校正的hardy-weinberg平衡检验,20个位点不偏离平衡（p>0.05）,其余位点均显著偏离平衡（p<0.05）。开发的ssr标记可用于2种石磺群体遗传学和石磺科贝类的系统发生研究,并为里氏拟石磺和平疣桑椹石磺的群体种质保护提供数据支持和技术参考。2,基于转录组测序的瘤背石磺est-snp分子标记的开发使用illuminahiseqtm2000高通量测序技术对瘤背石磺进行转录组测序,以所得的拼接序列为基础,利用samtools对测序数据进行分析,共检测到snp位点152212个,通过与其他种石磺科贝类转录组进行比较分析,获得在皮肤和血管形成,肌肉形成,角质层发生相关方面与其他种存在的差异snp位点共57个,对这57个位点在采自上海崇明的瘤背石磺群体中进行检测分型,其中26个位点获得准确分型且具有多态性,在结果中分型最多的为转换类型,即a-g和t-c,其中ho和he分别在0.2553¹.0000和0.0000⁰.7447之间,多态性信息含量（pic）在0.017⁰.358之间,其中7个位点表现为中度多态性（0.5>pic>0.25）,其他19个位点均表现为低度多态性（pic<0.25）。经sequentialbonferroni校正的hardy-weinberg平衡检验,8（30%）个位点不偏离平衡（p>0.05）,其余位点均显著偏离平衡（p<0.05）,shannon信息指数分布范围为0.0503⁰.6602。这些位点的开发将对了解瘤背石磺皮肤呼吸方式和及陆地适应性提供基础数据。利用blastx、go、kegg数据库对筛选出的snp位点序列进行功能注释,结果发现序列s_unigene1402_c0_seq1在神经突触形成、听觉受体细胞的分化,呼吸链中酶的定位都有重要作用;序列s_unigene508_c0_seq1与免疫系统调控、腺体分泌、dna修复,细胞凋亡中起到调控的作用;序列s_unigene11849_c0_seq1在碱基合成代谢、基因翻译表达、免疫应答、mapkk活性调控等方面有重要作用;序列s_unigene512_c0_seq1参与神经系统的形成;序列s_unigene685_c0_seq1在细胞增殖,生物大分子代谢方面起作用。在所开发的26个snp位点中,3个位点（s_unigene508_c0_seq1₁42,s_unigene685_c0_seq1₃534,s_unigene508_c0_seq1₂83）只与表皮形成有关,1个位点（s_unigene3026_c0_seq1₃726）只与肌肉形成有关,3个位点（s_unigene512_c0_seq1₉71,s_unigene512_c0_seq1₅524,s_unigene512_c0_seq1₅912）与血管形成与肌肉形成同时相关,1个位点（S_Unigene11849_c0_seq1₈04）同时与血管形成和表皮形成相关,其余位点只与血管形成相关。开发SNP分子标记将为进一步探讨石磺科贝类中“两栖”特性相关基因之间的趋同进化和各种间的趋异进化提供有力参考。