禽大肠杆菌病是由禽致病性大肠杆菌（Avianpathogenic E.coli,APEC）引起的。APEC是一种能引起急慢性,全身性疾病的致病性大肠杆菌。禽大肠杆菌病会损害禽生产能力从而给我国养殖业造成巨大在的损失。此外,在此过程中禽大肠杆菌耐药菌株也加速产生。由于APEC与人类的ExPEC的毒力基因存在重叠,它被认为不仅危害食品安全,还可能带来人致病的风险。因此,监控APEC的发病率,耐药趋势与耐药基因流行现状有重要意义。为了解扬州及周边扬州及周边地区禽大肠杆菌病流行现状与携带CTX-M菌株中耐药基因分布,本研究对扬州及周边地区养殖户送检扬州大学动物医院的病死禽进行了临床检查,病料采取,并进行细菌分离。细菌分离纯化后再对其进行生化实验,质谱鉴定,药物敏感性分析与产CTX-M菌株筛选。最后,对疑似产CTX-M菌株进行全基因组测序与耐药基因组学分析。1.扬州及周边地区禽源细菌性感染流行病学调查为了解扬州及周边地区禽源细菌性感染流行现状,本研究对扬州及周边地区养殖户送到扬州大学动物医院的病死禽进行了临床检查与剖检病理变化分析,疑似禽细菌感染病例进行病料采集,以及尽可能通过无菌操作采集有明显病变的内脏器官与组织,包括肝脏、脾脏、肺脏与输卵管。在实验室无菌条件下进行病料处理与细菌分离,使用脱纤维绵羊血琼脂培养基分离与纯化。最后,采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（matrix assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS）来鉴定初筛后的菌株种属。2018年11月至2020年11月,共采集禽类病料416份。细菌分离鉴定后共得分离菌株158株,其中大肠杆菌菌株104株,且104株大肠杆菌分离株生化试验结果均符合大肠杆菌特性。结果显示扬州大学动物医院来自扬州及周边地区发病家禽细菌分离率为38%,其中检测出大肠杆菌菌株的感染率为65.8%。首次在扬州及周边地区家禽中分离出深海希瓦菌,融酪大球菌等菌株。本研究为扬州及周边地区禽细菌性感染相关研究提供可参考的数据。2.大肠杆菌分离菌株药物敏感性研究与耐药趋势分析为了分析2018-2020年扬州及周边地区禽源大肠杆菌耐药表型流行趋势,针对第一章中已鉴定的大肠杆菌,挑选抗菌增效剂1种,抗生素9大类19种,参考CLSI2017推荐的K-B法检测104株大肠杆菌分离株的药物敏感性。统计耐药实验结果并对结果进行分析,得出结论:扬州及周边地区禽大肠杆菌耐药形式严峻:药敏结果显示复方新诺明,氯霉素,四环素,头孢唑林,氨苄西林还有甲氧苄氨嘧啶均表达很高的耐药性,耐药菌株超过70%。本研究为临床治疗禽大肠杆菌病提供了实验依据。3.CTX-M阳性菌株筛选与携带 CTX-M的菌株耐药元件分析为了解CTX-M阳性菌株表型与基因型的关系,本研究使用聚合酶链式反应（PCR）对纸片表型法筛选的耐药菌株进行耐药基因CTX-M的检测,并将其中的筛选出的阳性株提取细菌全基因组送至公司测序并分析其携带的耐药基因。在通过纸片法进行耐药性检测的结果可知,本论文研究中的大肠杆菌分离株头孢他啶耐药率为77.9%（81/104）,氨曲南耐药率为81.7%（85/104）。耐药基因CTX-MPCR检测的阳性率为48.1%（50/104）。最后,对全基因组测序结果分析,共检出CTX-M菌株42株。实验结果显示,使用PCR检测的准确性为84%。本次实验共对50株大肠杆菌基因组进行了全基因组测序,对其中所携带的耐药基因组分析可见,共测出13类,共74种不同的耐药基因（包括相应基因亚型）,各耐药基因出现频次存在较大差异。13类耐药基因分别为:氨基糖苷类,β-内酰胺类,粘菌素,氟喹诺酮与氨基糖苷类,磷霉素类,林可胺类,大环内酯类,氯霉素类,喹诺酮类,利福平,磺胺类,四环素类与甲氧苄氨嘧啶。检测结果表明,相当一部分菌株携带相同类相同种或相同类不同种的耐药基因。提示我们扬州及周边地区禽源大肠杆菌耐药形式复杂,危害公共安全,应通过合理用药等措施加以防范。本研究为禽大肠杆菌CTX-M的流行特征与耐药基因分布研究提供了数据支撑。