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土壤盐分逐年积累已成为威胁农作物优质高产的全球性农业问题,番茄因其具有十分重要的食用地位和经济价值,对其萌发期耐盐性的研究具有重要意义。cGMP作为重要的第二信使分子在植物应答胁迫中具有不可或缺的作用,本试验以“美味”樱桃番茄为材料,设置20μM、40μM cGMP与0、50、100、150、200 mM NaCl互作处理番茄种子以筛选浓度,利用生理生化、RNA-Seq技术与生物信息学的手段,通过探究外源cGMP对NaCl胁迫下番茄种子萌发与生长、抗逆性、次生代谢物与转录水平的影响,推测外源cGMP在番茄种子萌发耐盐适应调节中的机理。得出如下结果:(1)外源施用20μM cGMP能增强盐胁迫下樱桃番茄中淀粉酶活性,相比于单独盐处理提高了44.30%;能够降低淀粉酶含量,相比于单独盐胁迫降低了21.01%。促使樱桃番茄植株根长、胚轴长、鲜重和干重相比50 mM NaCl胁迫分别提高了94.29%、34.59%、35.08%和32.81%,有效地促进了盐胁迫下樱桃番茄的种子萌发与幼苗生长。(2)外源施用20μM cGMP促使盐胁迫下樱桃番茄植株中可溶糖和脯氨酸含量相比于单独盐胁迫分别增加了32.51%和16.01%;POD、SOD、CAT、APX活性分别增加了28.38%、26.94%、25.32%和55.39%。外源cGMP通过诱导碳水化合物代谢途径中PaCoA、GAPDHs、UDPG、PMEs、PG、PL和PODs等相关基因的表达,促进盐胁迫下樱桃番茄渗透调节物质显著积累,合理分配运用碳源物质,提高渗透调节能力降低渗透势,并增强抗氧化酶活性清除自由基避免细胞毒害。(3)外源施用20μM cGMP诱导盐胁迫下苯丙烷类代谢途径中PAL、CoMT、PODs、CAD、DFR等相关基因的表达,促进次生代谢物的生成,其中樱桃番茄植株中类黄酮和木质素含量比盐胁迫处理分别提高了38.07%和34.02%,不仅缓解了盐胁迫造成的氧化损伤,也促进了樱桃番茄植株生物量的富集,增强细胞壁的疏水性能和机械强度缓解盐胁迫对樱桃番茄植株造成的缺水胁迫。(4)盐胁迫下外源施用20μM cGMP诱导脂肪酸代谢中FADs和ADs等相关基因的表达,增厚蜡质与角质层减少非孔水分流失,维护质膜结构和组分的稳定。相比于盐胁迫,减少MDA含量20.04%,从而降低膜脂过氧化程度,从整体上有效地解除盐胁迫对樱桃番茄生长发育的抑制作用。qRT-PCR验证与RNA-seq测序数据几乎一致,证明获取的测序数据可靠。该结果为推广樱桃番茄在盐渍化地区的种植及为品种选育提供理论指导,并为茄科作物的耐盐基因筛选与研究提供参考。