传统的菌株鉴定是采用16S rDNA序列测定的方法，但是由于其本身的局限性，进化速率比较低，对亲缘性比较近的菌株难以进行区分，不能很好的在种的水平上对菌株进行鉴定。针对这种现象，本研究以16S rDNA序列分析为基础，结合管家基因gyrB序列的测定分析，综合对实验菌株进行鉴定以及多样性分析；对于同一属的不同菌株进行rep-PCR扩增，根据其指纹图谱评估分型结构。本研究采用传统16S rDNA与管家基因gyrB序列分析相结合的多相分类方法，对70株不同省份的花生种子生防细菌进行鉴定，16S rDNA序列结果表明，属于芽孢杆菌属的菌株有44株，类芽孢杆菌属1株，沙雷氏菌属16株，肠杆菌属8株，泛菌属1株，分别占62.90%、1.40%、22.90%、11.40%、1.40%。以12株沙雷氏菌属的实验菌株为分析对象，分析得出16S rDNA序列间相似性的变化范围为91.7%-99.9%，gyrB序列的相似性范围为88.0%-99.4%，后者的相似性范围要比前者更广，区分效果较好； gyrB序列间的进化距离范围0.000-0.119，16SrDNA序列间的进化距离范围为0.000-0.079，前者的进化距离要比后者大。虽然16Sr DNA序列分析是最传统也是最常用的系统发育研究方法，但是因为其进化速率比较低，忽略了菌种之间的差异，所以在种水平上的鉴定不能进行很好的区分，而管家基因很好的克服了这一困难，其在种间的相似性差异范围以及进化距离都要比16S rDNA要大，因而受到越来越多研究者的青睐。另外，本研究对70株实验菌株进行rep-PCR指纹图谱分析，其中利用引物BOX1R进行扩增的条带范围为121-2661bp，条带多态率为79.2%；引物ERIC1R/ERIC2进行扩增的条带范围为38-2476bp，条带多态率为90.9%；引物REP1R-I/REP2-I进行扩增的条带范围为34-2622bp，条带多态率为87.5%。ERIC-PCR扩增的条带清晰，而且条带的多态率是三种引物中最高的；REP-PCR的扩增多态率虽然比BOX-PCR要高，但是其条带清晰度比较差，而且扩增没有后者容易，所以在对菌株进行rep-PCR指纹图谱分析时优先考虑利用引物ERIC1R/ERIC2和BOX1R。本研究采用多种方法对黄曲霉生防细菌进行多相分类鉴定，并分析其种群多样性，为防治黄曲霉毒素田间污染花生奠定理论基础。