胞外多肽的生物信息学分析与应用

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长期以来人们一直认为植物的细胞壁是支持植物细胞和植物体的刚性结构,大分子的多肽类分子不可能作为细胞间信使存在。但研究发现植物和动物一样也可能利用多肽类激素来调节植物的生长发育和逆境防御反应。目前已经发现了多种植物胞外多肽信号分子,但其中关于受体和细胞内信号通路研究比较明确的只有四种。基因组研究发现模式动物的基因组中含有编码RLKs基因数分别为人类70个、线虫43个、果蝇25个,并有大量的胞外多肽类信号分子与之对应,在植物中拟南芥的基因组中编码RLKs的基因数为417个,在水稻的基因组中数量更大于600个,应当存在更多的胞外多肽信使与之对应。本文通过运用生物信息学的方法,利用丰富的动物胞外多肽的信息,分析比较了已知的植物、动物及微生物的胞外多肽的氨基酸序列和结构特征,发现这些来自不同种的胞外多肽具有共同的氨基酸偏好特征、结构特征和相似的疏水性特征,并利用在线工具对胞外多肽的氨基酸偏好特征进行了验证,利用这些共同特征对植物中新的胞外多肽进行了推断,推断了已知植物胞外多肽的二级结构,通过结构比对计算推测了钙调素受体的结构,所得到的结果对寻找新的植物胞外多肽以及对钙调素受体结构的研究都将有所帮助。通过以上分析可以推测胞外多肽在进化时可能被不同的生命形式所采用,在生物进化时作为维持生命的重要信息交流物质,被从最早的祖先中遗传下来,成为各种生物进行信息交流的重要工具即细胞信号转导中的信号分子。胞外多肽参与的细胞信号转导也成为植物与动物共同的生理机制之一,当然以上的讨论还需要大量的实验来证明。
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