高校专项资金的绩效评价是目前国内外学者研究关注的重点之一，随着我国财政预算管理体制改革的深入推进,专项资金绩效评价也随之成为预算管理的核心内容之一，如何才能够采取积极而有效的措施去激励和指引高校优化专项资金资源配置，提高专项资金的使用效率已成为目前理论界和教育界迫切需要解决的课题。本文以高校专项资金的绩效评价为研究对象，结合大量的文献资料分析了高校专项资金绩效评价的意义，从理论和实际研究出发，综合分析了国内外学者对高校专项资金绩效评价的研究情况，从新公共管理、公共选择和委托代理等理论入手，详细研究了高校人力投入、财力投入、物力投入及相应的教学产出、科研产出和社会服务产出的效率问题。针对目前高校专项资金绩效评价指标体系缺乏，评价方法参差不齐、一般比较单一、包含评价的信息量不全、不易操作等问题，运用平衡记分卡法结合投入产出模型综合构造了高校专项资金绩效评价的评价指标体系，同时综合了主成分分析法、数据包络分析法等方法建立了一个完整的绩效评价系统。最后还对某高校中央财政专项资金项目进行了实证分析研究，并给出了分析结果和评价意见，为科学客观评价高校专项资金提供了技术方面的支持。文章运用平衡记分卡原理针对高校专项资金绩效评价的特点，设置了财务维度、客户维度、内部运营维度、学习和成长四个维度；通过对高校专项资金的绩效结构分析，把投入方面的指标分为财力投入和物力投入两个维度，把产出方面的指标分为教学产出、科研产出和社会服务产出三个维度。这样的评价指标划分解决了目前评价指标层次不清、重视合规评价轻视效率评价的问题。然后运用主成分分析法把评价指标数量简化，去除它们一些重叠相关的信息，解决了目前评价指标冗余，信息重叠严重的问题。最后运用数据包络分析（DEP）法对简化后的信息进行投入产出效率的综合评价分析，针对效率不佳的项目提出量化的改进建议。文章从整体上建立了一种新的绩效评价体系和流程，并针对具体的实例进行了分析，为高校专项资金绩效评价研究和实践提供参考。