基因组选择(genomic selection, GS)是新一代畜禽遗传评估方法,具有早期选择准确性高和缩短世代间隔等优势。对于优质肉鸡育种,基因组选择的优势在于提高估计育种值准确性,特别是对那些难以测量或者测量费用较高的性状。本论文围绕基因组选择在优质肉鸡育种中的应用进行一系列研究：优质肉鸡基因组育种值估计模型准确性评估研究；优质肉鸡基因组育种值估计模型优化研究；优质肉鸡基因组选择三系杂交繁育体系经济效益评估,得出以下结果和结论：(1)本研究基于系谱信息对优质肉鸡群体6周龄体重和12周龄体重2个生长性状,全净膛率、胸肌率和腿肌率等3个屠体性状进行遗传参数估计,6周龄体重和12周龄体重是中低等遗传力,遗传力分别是0.26和0.13；全净膛率、胸肌率和腿肌率等屠体性状是中高等遗传力,遗传力分别是0.44、0.39和0.39。论文使用Illumina鸡60K SNP芯片,针对优质肉鸡的2个生长性状和3个屠体性状采用基因组最佳线性无偏预测模型(GBLUP)、贝叶斯LASSO模型和贝叶斯Mixture模型等3种基因组育种值估计模型与传统育种值估计模型进行比较研究。群体数据采用家系分组和随机分组两种分组方式分组,并采用交叉验证法进行验证。在家系分组中,使用3种基因组育种值估计模型,生长性状的基因组估计育种值准确性为0.448-0.468,屠体性状的基因组估计育种值准确性为0.176-0.255,平均基因组估计育种值准确性为0.319,而传统模型估计育种准确性平均值仅有0.034；在随机分组中,生长性状的基因组估计育种值准确性为0.487-0.536,屠体性状的基因组估计育种值准确性为0.312-0.430,平均基因组估计育种值准确性为0.433,而传统模型估计育种值准确性平均值仅有0.236。以上结果表明,相比传统方法,基因组选择可以大幅提高育种值估计准确性。(2)本研究基于系谱信息对优质肉鸡新城疫和禽流感病毒抗体免疫水平等两个免疫性状进行遗传参数估计,新城疫病毒抗体免疫水平是中高等遗传力,遗传力是0.478；禽流感病毒抗体免疫水平是中等遗传力,遗传力是0.301。论文采用多性状模型用于提高免疫性状育种值估计准确性进行研究,群体数据采用家系分组和随机分组两种分组方式,并采用交叉验证法进行验证。新城疫和禽流感病毒抗体免疫应答水平遗传相关是0.438。在家系分组中,相比传统基于系谱的育种值估计模型,采用多性状基因组育种值估计模型,新城疫病毒抗体免疫应答水平估计育种值准确性从0.086提高到0.237,禽沛感病毒抗体免疫应答水平估计育种值准确性从0.080提高到0.347；在随机分组中,相比基于系谱的育种值估计模型,新城疫病毒抗体免疫应答水平估计育种值准确性从0.385提高到0.427,禽流感病毒抗体免疫应答水平估计育种值准确性从0.281提高到0.367。结果表明,多性状基因组育种值估计模型可以利用性状之间的相互联系提高基因组估计育种值准确性。(3)论文使用蒙特卡罗计算机模拟对优质肉鸡中三系杂交繁育体系实施基因组选择的经济效益进行了评估。A系、B系和C系经过10个世代的基因组选择平均每个世代分别可以获得0.356、0.341和0.356个标准差的额外遗传进展,折合可获得利润0.401、0.414和4.141亿元。研究结果表明,相比传统选择方法,基因组选择方法可取得了一定的额外遗传进展和利润,在优质肉鸡中实施基因组选择具有提高遗传进展和增加利润的潜力。