检测鹅细小病毒iiPCR方法的建立和一种新的鸭源鹅细小病毒的基因组特征

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鹅细小病毒包括经典鹅细小病毒(Classical goose parvovirus,CGPV)和新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,NGPV),CGPV感染鹅和番鸭,而NGPV感染樱桃谷鸭、北京鸭和骡鸭等,病原的宿主范围有所不同。2015年以来,NGPV在山东、江苏、河北、四川等地广泛流行,给养鸭业带来了巨大的经济损失。本研究的目的是建立检测鹅细小病毒的恒温隔绝式荧光PCR方法(iiPCR方法),并应用该方法对樱桃谷鸭的临床样本进行检测,取得如下成果:1.成功建立了检测鹅细小病毒的iiPCR方法在分析CGPV和NGPV VP3核苷酸序列的基础上,在保守区域设计了一对引物和探针,引物序列为:F:5’-GGTGCCGATGGAGTGG-3’;R:5’-ACTGGTA ATY GCTTTRTAGATGTG-3’;探针序列为:FAM-5’-CCAATGGA TGGGA AACACAGT CA-3’-BHQ1,经过反应体系和条件的优化,首次建立了检测鹅细小病毒的iiPCR方法。该方法的特异性好,可以特异性的检出NGPV和CGPV,对番鸭细小病毒和其他常见无关病原不检出;批内、批间变异系数均小于5%,稳定性好;检测下限是38.1 copies·μL-1,灵敏度高,为鹅细小病毒的检测提供了新的技术手段。2.新型鹅细小病毒的分子检测在四川省夹江和峨边地区的两个樱桃谷鸭场采集31只病死鸭的脾脏和肝脏,采用前期建立的检测鹅细小病毒的iiPCR方法进行了NGPV的检测,结果表明,31只病死鸭中NGPV的检测率为93.54%。成功从29个阳性样本中扩增出14个长度为494 bp的VP1序列,进化分析显示均与CGPV的遗传关系最近,而与NGPV和MDPV有明显的遗传距离。本研究获得的14个VP1片段与CGPV相比有1个相同的氨基酸突变;与NGPV相比,有5个相同的氨基酸突变;与MDPV相比,有4个相同的氨基酸突变。因此,本研究获得的14个VP1片段有可能代表一种新的鸭源鹅细小病毒,为进一步了解鸭源细小病毒的分子特征及遗传变异提供了线索。3.一种新的鸭源鹅细小病毒的基因组特征参照CGPV的基因组序列设计了9对引物,成功地从阳性样本中扩增得到了9个毒株的近乎全长的基因组序列,获得的基因序列全长为4101 bp,包括1844 bp的非结构蛋白和2199 bp的衣壳蛋白区域,G+C%的含量为45.01%-45.09%。所有基因组序列均未观察到碱基的缺失、插入和移位。9个基因组的核苷酸相似性为99.6%-100%,和CGPV基因组的相似性为94.1%-99.7%,与NGPV基因组的相似性为95.3%-96.6%,与MDPV基因组的相似性为81.4%-86.8%。基于基因组核苷酸序列、NS1氨基酸序列、VP1氨基酸序列的系统发育树显示,9个毒株在系统发育树上均与CGPV聚为一支,和NGPV、MDPV有明显的遗传距离。在NGPV区别于MDPV和CGPV的20个独特氨基酸位点上,本研究获得的9个毒株与CGPV完全一致,明显区别于NGPV和MDPV。与CGPV相比,本研究的9个毒株均在VP1的第529位氨基酸位点发生了相同的氨基酸突变(I→L),而与NGPV和MDPV的VP1序列有明显差异。因此,本研究获得的9个毒株是一种新的鸭源鹅细小病毒。进一步研究该型毒株的生物学特性及其流行情况,对鸭细小病毒病的防控和遗传进化研究有重要意义。
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