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虹鳟(Oncorhynchus mykiss)属鲑形目(Salmoniformes)，鲑科(Salmonidae)，鲑亚科(Salmoninae)，大麻哈鱼属(Oncorhynchus)，是世界性养殖鱼类。其肉质鲜美，高蛋白、高不饱和脂肪酸、无肌间刺、易加工，是水产遗传育种领域的重要研究对象。但在近年来的虹鳟养殖生产中，种质退化、产品质量下降和病害频发等现象变得越来越严重，因此，实现虹鳟养殖业的稳定发展，选择快速生长及抗病性强的虹鳟品种是迫切需要解决的问题。分子生物技术手段的应用能提高育种效率，促进虹鳟优化种质和品种的培育。本研究探讨关于筛选抗病性强的虹鳟育种的工作、虹鳟选育群体体尺性状的表型与遗传相关分析的工作及选用微卫星标记分析虹鳟的遗传多样性及生长性状。以虹鳟优良品系G2世代为基础群体，在避免全同胞或半同胞交配基础上随机交配，建立了60个全同胞家系，对上述家系进行传染性造血器官坏死病毒(Infectious hematopoietic necrosis virus, IHNV)人工感染试验，构建贝叶斯动物阈模型估计IHN抗病力的遗传参数，采用吉布斯抽样(Gibbs sampling)的方法估计虹鳟IHN抗病力的方差组分并计算其遗传力，结果显示虹鳟IHN抗病力的遗传力为0.34。在此基础上进行了抗病家系筛选研究，获得8个感染IHNV病毒90日存活率超过50%的家系，其中一个家系(编号K23)的存活率超过了90%。本研究结果表明，虹鳟IHN抗病力具有中等遗传力，在技术上采用选择育种的手段对虹鳟IHN抗病性能进行遗传改良是可行的。另外，采用单性状动物模型估计此虹鳟群体(G2)的头长、体长、体高、体厚、尾柄长、尾柄高、背吻距、背鳍基长等8个主要体尺性状的遗传力。结果显示，上述8个性状的遗传力在0.131～0.313之间，多为中等或偏低遗传力，其中背鳍基长遗传力最低，为0.131±0.039，体高遗传力最高，为0.131～0.086。采用皮尔逊相关法估计上述性状之间的表型相关，结果显示，上述性状间表型相关变化范围在0.016～0.1815之间。采用两性状动物模型估计了上述性状间的遗传相关，结果表明，上述性状间遗传相关变化范围在0.065～0.866之间。在本研究中，比较分析表型和遗传相关结果发现，虽然体厚与尾柄长的表型相关最低，仅为0.016，相关性不显著(P>0.05）；但是遗传相关为0.247，似然比检验(likelihood ratio test, LRT）统计分析达到显著水平(P<0.05）。体厚与背鳍基长的表型相关为0.647，t检验达到显著水平(P<0.05)；但遗传相关仅为0.305，LRT统计分析未达到显著水平(P>0.05)。上述结果说明，在该群体中各体尺性状的表型相关和遗传相关水平不完全相同，在设计育种方案时应综合考虑各个性状间的表型相关及遗传相关。免费从EST数据中开发获得EST-SSR分子标记，用于种间的遗传多样性与遗传分化的研究。从NCBI公共数据库中共获得287565条虹鳟的EST序列，通过前处理得到全长为55236.33kb的无冗余EST181668条。在这些序列中搜索出990余个SSR,分布于860条EST中，出现频率是1.32%。这些序列共设计出129对EST-SSR引物。经过对虹鳟样本基因组DNA的扩增检验，最终挑选出17个多态性好的引物，利用这些引物分析虹鳟群体的遗传多样性及生长性状。实验用17个多态性微卫星标记对虹鳟养殖群体进行遗传多样性的分析，在随机采样360尾个体中，平均等位基因数为5.8823个，各标记等位基因数为3～10个，片段大小为90～348bp，有效等位基因数(Ne)为1.9316～8.8220，观测杂合度(Ho)为0.2083～0.7222，期望杂合度（He）为0.4830～0.8879，标记的多态信息含量（PIC）为0.4470～0.8716，平均为0.6533。统计结果显示，虹鳟养殖群体处于高度多态水平，经卡方检验显示其中有13个位点显著偏离了平衡(P<0.01)。为了进一步研究上述的微卫星标记与虹鳟生长性状的相关性，利用SPSS19.0的GLM模型分析17个微卫星标记与体重、体长、体高和体厚的相关性，结果表明，HLJRTHRB846和HLJRTHRB779与4项生长性状均具有极显著相关性，HLJRTHRB281、HLJRTHRB373、HLJRTHRB418、HLJRTHRB260、HLJRTHRB436与体长、体高和体重均具有极显著相关性， HLJRTHRB468与体重和体宽均具有极显著相关性，HLJRTHRB513与体重和体高具有极显著相关性，HLJRTHRB291和HLJRTHRB809与体高具有极显著相关性，HLJRTHRB131与体宽具有极显著相关性，HLJRTHRB241与体长具有显著相关性。将Duncan多重比较用于基因型与生长性状之间，寻找微卫星标记具有生长性状优势的基因，为虹鳟QTL定位结果进行分子标记辅助育种的研究提供了一定的依据。