随着我国高校体制改革的深入，高校的理财环境发生了跨越式的变化，资金使用是否朝着有效率有效益的方向流动已经成为了高校面临的财务新课题。在西方高校大力推行绩效指标体系的促动下，我国政府作为最主要的教育投资者，也正试图对高校进行绩效评估，尤其是对财务绩效进行评价，希望能够通过评价结果激励和引导高校的财务管理水平。在相关理论综述的基础上，本文首先明确了高校财务绩效的评价主体和评价客体。特别分析了高校的属性和高校财务绩效的内涵，为后面的深入研究奠定了理论基础。接着，根据高校财务绩效评价指标体系建立的原则，以已有的评价指标体系为依托，建立了一套比较完善的反映高校某一会计年度财务绩效水平的评价指标体系。然后，运用因子分析法，对2007年度教育部直属76所高校进行了财务绩效的实证评价和排名。同时，运用阈值分析法和移动加权平均法，对76所高校财务绩效的地域差异性进行了分析。结果表明，中西部高校财务绩效水平明显劣于东部地区。最后，根据结论提出相应的对策建议并指出文章中的不足点。