中共中央、国务院于2016年发布的《国家中长期科学和技术发展规划纲要》明确指出,创新已经成为我国引领发展的第一动力,我国要以科技创新为引领,深入实施创新驱动发展战略,着力增强自主创新能力,把创新摆在国家发展全局的核心位置,确保我国2050年如期建成世界科技强国。当前我国的科技创新能力持续提升,企业技术创新主体地位不断增强,高端创新资源加速集聚,全社会创新活力不断增强,技术创新体制机制逐步完善。但2020年中国科学技术发展研究院发布的《中国区域创新评价报告2020》研究显示,我国的区域创新发展仍然存在较多问题:产业链低端、关键核心技术受制于人、区域间协同创新发展水平不够、创新激励体制有待完善等。税收政策作为政府政策体系中的重要组成部分,在区域创新发展过程中发挥着引导、支持和激励等作用,是区域创新发展的助推器。税收负担水平是影响税收制度改革的核心,各区域税收负担直接影响着一个地区进行创新发展的收入与成本。当前我国出台了一些相关的科技税收政策,对我国的区域创新发展起到了一定的促进作用,但从整体上看,我国的税收政策与区域创新发展不协调问题仍旧突出,与我国的自主创新现实要求相比,仍需进一步改进与完善。因此,研究税收负担与区域创新能力的关系,如何利用政府权力的“减法”换取创新热情的“乘法”,科学制定创新类税收政策,稳定支持科技基础研究,激励企业自主创新,提升企业创新的热情和活力,对于我国的区域创新协同发展起着重要作用。基于此,本文梳理和整理了与税收负担和区域创新能力有关的国内外文献,结合外部性理论、技术创新理论和国家创新系统理论,从理论层面分析了税收负担与区域创新之间的关系和作用机理,探索性地构建了我国税收负担对区域创新能力影响的多层次分析框架。接着本文分析了我国的区域税收负担的现状、区域创新能力的现状和税收负担对区域创新影响现状,并基于2010—2019年我国31个省市的面板数据,建立模型,进行系统GMM两步法估计,实证分析税收负担对区域创新能力的影响程度,进一步的,将全国划分为中东西三个区域,对税收负担对区域创新能力的影响从区域层面进行差异比较。研究发现:（1）税收负担与区域创新能力产呈非线性关系,既有正向的促进作用也有负向的抑制作用。（2）税收负担对区域创新能力的抑制作用具有区域异质性,税收负担对各区域的区域创新能力具有显著的抑制作用。结合实证研究的结论和我国的国情,本文提出了一系列的政策建议:建议我国稳定宏观税负水平,保障区域创新投入,优化税收负担结构;加大减税降费力度,扩大税收优惠覆盖面;加强区域创新税收征管合作,优化区域创新环境;科学设置税收制度,健全科技创新体制机制;完善税收激励机制,加大创新人力资本投入;提高税收制度普适性,促进区域协同创新发展。