中药材云黄连系毛茛科( Ranunculaceae)黄连属(Coptis Salisb.)植物云黄连（Coptis teeta Wall.）的根状茎，为云南的传统道地药材之一。云黄连始载于明代兰茂的《滇南本草》，主产于云南西北部，分布狭窄，由于其长期以来完全靠野生采挖，自然生长，药材蕴藏量有限，资源逐渐减少，现已作为稀有濒危物种列于《中国植物红皮书》中，是国家二级保护植物，渐危物种。为了合理利用和保护其野生资源，对其运用ISSR方法进行遗传多样性的初步研究和种质资源标准化整理。结果如下：　　 1.运用ISSR分子标记技术，以采自滇西北贡山县高黎贡山自然保护区其期保护站、云南福贡县匹河怒族乡普洛村、云南泸水县古登乡色仲村、云南保山市隆阳区白花林村的云黄连6个居群为材料，对云黄连在分子水平的遗传多样性进行了研究。应用12个ISSR引物对144个样品进行扩增，共检测到154个多态位点，其中87个为多态位点，占56.49％。平均每个引物产生12.83条带。6个居群的平均多态位56.49％，物种水平多态位43.49％。其中匹河(PH)居群多态百分率最高为85.06％，白花林A居群(BHLA)多态位百分率最低为61.69％。POPGENE分析结果表明，云黄连的遗传多样性指数分别为PPB=43.49％，ht=0.2938，I=0.3657；居群水平上的遗传多样性指数分别为PPB=3.63％，hs=0.2013，I=0.3138。居群间基因分化系数Gst为0.3302，有66.98％的遗传变异来自居群内，33.02％来自居群间，因此，云黄连的多样性水平是较低的，且遗传变异主要来自居群内。　　 云黄连的濒危状况可能源于它属于狭生态物种，是进化适应的结果，日益恶化的生态环境不利于云黄连的生存，自然灾害和人为破坏造成的生境破碎、过度采挖、以及该物种本身存在的生物学特性方面的缺陷等一系列因素导致和加速了它的濒危。云黄连对生境条件有着较高要求，较适于就地保存的物种，这种特性对于云黄连这个濒危物种的持续生存是至关重要的。　　 2.通过对云黄连种质资源共性、特性和图象描述，以整合云黄连种质资源，规范其种质资源的收集、保存、鉴定、评价、研究和利用，实现云黄连种质资源的充分共享，为其可持续利用奠定坚实的基础。