运气理论作为中医学基础理论，对于阐明人体病理变化、指导临床各科的诊断和治疗，均具有重要意义，故在中医学中占有重要地位，历代医家都十分重视运气学说，曾有“不懂五运六气，遍读方书何济”之训。但运气理论自诞生起就不断受到非议或否定，因运气理论博大精深且深奥难懂，历代医家对运气理论的态度也褒贬不一。本文试就以下三个方面对运气理论与疫病发生规律做一点初步探索：　　 (1)运气计算模式的起点选择，即五运、六气以大寒还是立春起始的问题。古人一般遵从《素问》传统，以大寒为推算起点，但近代有人根据农历新年起于立春的历算传统对此提出异议。尽管大多数学者仍依照传统习惯从大寒起算，但本质上两种观点莫衷一是，且缺乏客观的评判依据。本文利用15个地区30年气象数据，首次运用变异系数法对这一问题进行了初步探讨，试图提供一个相对客观的判据。研究结果表明大寒起始比立春起始更能准确地反映气候周年变化的一般规律，更符合运气理论。　　 (2)借助历史数据，探索运气理论关于疫病发生与气象因素关系的相关解释的合理性问题。本文利用安徽省气象和疫病数据，通过灰色系统理论的运用，初步证实了运气理论关于疫病发病相关解释的合理性，因而也证实了古老运气学说的某些科学内涵。　　 (3)运气理论与安徽省疫病发病相关性的若干探索。通过对安徽省疫病（痢疾、乙脑）发病率资料的统计分析表明，不同中运、六气司天年份的疫病发病特征与运气学理论相呼应，说明运气学说对了解安徽省痢疾、乙脑发病规律有意义，对其进一步研究可为痢疾、乙脑乃至其他疾病的预测预防提供参考。　　 本研究以五运六气的视角，通过现代科学手段和海量数据的统计分析，证实了某些运气因子的客观性，有助于说明运气理论所研究的内容属于科学问题，为运气理论从哲理性描述向科学性刻画提供了思路，也为重新评价和运用中医五运六气提供了参考。