经过改革开放30多年的快速发展，我国经济社会发展进入了新的历史阶段。我国当前的区域发展正日益面临着资源环境承载力和自身经济发展能力这两大约束。主体功能区划是国家在发展战略和统筹区域发展政策上的重大创新，这一区划明确了优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发四类主体功能区的发展方向以及对主体功能区分类指导的环境、产业、土地、人口等政策。　　 然而由于资源环境承载能力、发展现状和发展潜力不同，不同区域在主体功能区划中的功能定位不同。优化开发区、重点开发区为开发型功能区，主要承载着经济生产和集聚城镇、人口、产业的功能；限制开发区、禁止开发区为保护型功能区，主要承载生态系统服务功能。然而这种复杂的逻辑联系有可能加剧不同主体功能区之间的利益失衡，这是因为保护型功能区面临着更加严格的环境绩效考核，同时自身也面临着发展机会的丧失，这种发展机会的丧失有可能无法实现“均等化的基本公共服务”，这就需要在主体功能区划政策设计的过程中引入一种新的协调机制--生态补偿机制。作为江苏省发展和改革委员会的支撑课题，在理论研究的基础上，本文结合国内外生态补偿的研究实践和主体功能区划的客观需要，研究了江苏省主体功能区划生态补偿模式和生态补偿标准的问题。　　 首先根据主体功能区划明确了开发型功能区需要为保护型提供生态补偿和技术支持，保护型则为开发型提供生产要素支持和生态屏障保护，解决了“谁补偿谁”的主体问题。　　 其次设计了江苏省人民政府主导的纵向补偿和地方同级政府之间的横向补偿两种方式，厘清了“怎么补偿”的方式问题。　　 最后，重点研究了“补偿多少”的标准问题。基于生态系统服务外部效应的理论，研究选取了生态系统服务价值作为补偿标准核算的核心。文章在江苏省主体功能区划环境绩效考核指标约束下，根据江苏省资源价格体系研究，核算了为实现主体功能区划而需要投入的生态治理修复成本EBC。然后引入了IPAT模型，通过情景分析的方式计算出主体功能区划下区域发展机会的损益EDC，连同其他为实现主体功能的成本ETC核算出了主体功能区划给保护型功能区带来的生态成本。在此基础上，引入生态系统服务价值理论，从Constanza生态系统服务价值评估体系中选取9项具有代表性的指标，进行区域生态系统服务价值的核算。借助专家咨询法为生态系统服务外溢的价值量确定权重δ，核算出了生态系统服务的外溢系数ζ，从而对生态成本的承担进行了科学的评估和分配，进而核算出了江苏省主体功能区划生态补偿标准EC。　　 在理论构建的基础上，研究选取了江苏省睢宁县作为实证研究的对象。在主体功能区划环境绩效考核的指标要求下，具体核算了2011-2020年间睢宁县生态系统服务价值外溢系数ζ为0.42。2011年生态治理修复的预测成本EBC为56.97万元，区域发展机会的损益EDC的区间范围为12-18亿元，睢宁县作为适度(限制)开发区所应得到的生态补偿额度理论值区间为5.04-7.56亿元。而2015年该补偿额度应为38.64-58.38亿元，这为全省开展主体功能区划生态补偿提供了重要参考依据。　　 根据理论框架研究和睢宁县案例实证分析的结论，研究还对完善江苏省主体功能区划生态补偿机制提出了转变经济增长方式、推动生态科技创新以及创新生态融资渠道等一系列对策建议，旨在通过经济、政策以及市场的激励和协调安排，调动各功能区环境保护的积极性，调整政策环境行为背后的经济利益关系，促进社会公平，实现人与自然和谐发展，建设生态文明。