本研究通过对山西省11个地市的216份大豆地方种质资源的数据进行表型多样性分析和遗传结构分析,采用关联分析的方法对SSR标记基因分型,并对重要农艺性状进行遗传解析,挖掘相关的优异等位变异,为山西省大豆种质资源的利用和保护提供依据。主要研究结果如下:1.山西大豆资源遗传多样性丰富。以山西省216份地方大豆种质资源为试验材料,对其11个质量性状和10个数量性状进行了遗传多样性分析和农艺性状聚类分析。其中表型性状的变异系数变幅为10.06%～51.64%,平均值为35.20%;基于农艺性状的聚类分析将216份大豆资源划分为2大组群,表明供试材料具有较为丰富的表型多样性。2.核心种质资源遗传多样性。在对核心种质资源表型性状统一鉴定、评价的基础上,结合SSR分子标记技术,对山西大豆核心资源进行遗传多样性分析。171个标记在216份大豆中共检测到706个多态性位点,不同引物的等位变异数在1～10之间,平均每个标记有4.1287个,有效等位变异数在1～7.3309,平均有效等位基因数2.6021;基因多样性指数变化范围为0.0619～0.8636,平均为0.5355;多态性信息含量指数在0.009～0.999之间,平均为0.5942;其中Sat＿267等位基因数最多10个,有效等位基因数为6.1501;Sat＿258有效等位基因数最大为7.3309,等位基因数为9;Satt073和Satt526的PIC最大为0.999,不同指标在不同的SSR引物中差异较大,这充分说明216份大豆的遗传多样性表现丰富。3.核心种质资源遗传结构分析。利用Structure 2.3.4将山西大豆核心种质划分为2个亚群,表明该群体结构相对单一,有利于关联分析。结合山西省地理特征发现2个亚群大致按地理位置区分开来,分为山西中部、山西北部和山西中部、山西南部2个组群。表明山西中部大豆种质资源存在地理生态型分化,可能是由南部和北部交叉引种。4.优异等位位点挖掘。采用软件tassel 2.1的GLM模型,以群体结构Q值为协变量对鉴定性状进行关联分析,基于GLM模型,共检测到36个与11种农艺性状极显著（P＜0.01）关联的标记,单个标记对表型变异的解释率为0.0358～0.1640。本研究发掘了对芽期抗盐性增效潜力明显的等位变异Satt676-250以及典型载体材料小青豆;对熟期抗旱性增效潜力明显的等位变异Sat＿172-208、Sat＿172-180以及典型载体材料褐色红豆、绿大豆;对粒色增效潜力明显的等位变异Satt534-178、Satt534-188以及典型载体材料大红豆、大青豆;对百粒重增效潜力明显的等位变异Satt354-180以及典型载体材料红大豆;这些具有优异等位变异的材料可以选配为优异亲本载体组合。