虽然审查起诉环节的补充侦查作为一项重要的刑事诉讼制度,在很大程度上还有其存在的必要性。但这一制度本身还存在瑕疵,司法运行中也显现出诸多问题，如补充侦查率持续偏高、借补充侦查拖延办案时间导致超期羁押、补充侦查质量不高、补充侦查成为法外销案的渠道等。这些问题的产生既有立法理念上偏重实体公正、当事人权利保障意识淡薄等深层次的原因，也与退回补充侦查的执行权、决定权运行的控制机制不到位有莫大关系。科学的法律规定和司法权力运作机制,对发挥补充侦查制度的积极作用具有重要意义。在现有检警关系模式和案多人少的现实背景下，对完善审查起诉环节退回补充侦查有三个方面的建议：在宏观方面，需要强化实体公正与程序正义并重的司法理念，注重对当事人的权利的保障，同时引入外部监督。在对侦查机关的监督制约方面，要改革侦查机关考核机制，加强内部监督；要发挥检察机关提前介入侦查的引导作用；要取消不起诉指标考核做法，保证依法行使不起诉权。在对检察机关的监督制约方面，要设置专门的案件管理机构，对退回补充侦查决定权运行进行集中管理；要健全审查起诉案件质量流程管理机制，对退回补充者侦查权运行同步管理；要健全案件期限预警机制，解决退回补充侦查合法“借”时间的问题；要健全退查案件质量考评与奖惩机制，解决退查“无害”的问题。