为了了解广东地区FMDV的遗传变异情况及抗体水平,本实验对2015-2016年间收集的华南部分地区猪血清和病料分别进行FMDV抗体和抗原的检测,检测结果表明:2015共采集2763份猪血清,其中阳性血清总数为2344份,阳性率为84.84%(95%CI:78.43%-86.78%);2016年共采集3298份血清,其中阳性血清总数为2932份,阳性率为88.90%(95%CI:86.83%-94.54%);与2015年相比,2016年FMDV抗体阳性率有所上升。本实验对临床具有水疱症状的病料进行FMDV VP1和3A基因进行扩增,序列进行分析结果表明:11株O型FMDV均属耿马谱系毒株。7株A型FMDV均属Asia型毒株。11株O型FMDV的VP1基因与流行毒株相比,GD-MM-3株与O/BY/CHA/2010株同源性最高,为95.3%;GD-1株、GD-MM-1株和GD-MM-3株与O/MYA/1/98株同源性最高,为90.8%。7株A型FMDV的VP1基因与流行毒株相比,A/GDMM/CHA/2013株与GD-3株的核苷酸同源性最高,为99.8%。A/GDMM/CHA/2013株与GD-CH-1株的核苷酸同源性最低,为96.4%。A/HuBWH/C HA/2009株与GD-3株的核苷酸同源性最高,为91.4%;A/HuBWH/CHA/2009株与GD-CH-1株的核苷酸同源性最低,为88.4%。11株O型FMDV的3A基因与流行毒株相比,有9株属耿马谱系毒株;有2株属于泛亚谱系毒株。7株A型FMDV的3A基因存在较多氨基酸的缺失。通过对VP1基因的简单重复序列进行分析,结果显示GD-MM-2株五碱基SSR相对丰度最高;四碱基SSR中GD-MM-1株、GD-MM-2株、GD-MM-5株相对丰度最高;GD-ZS-1株三碱基SSR的相对丰度最高。通过对VP1基因相对密度的比较,结果一碱基SSR中,GD-ZS-1株相对密度最高;二碱基SSR中,GD-2株的相对密度最大;三碱基SSR中,GD-ZS-1株相对密度最高;四碱基SSR中,GD-MM-1株、GD-MM-2株和GD-MM-5株的相对密度最大;五碱基SSR中,GD-MM-2株的相对密度最高。通过对O型FMDV VP1蛋白结构功能的预测,综合分析在23~30、100~104、179~183、197~202区段存在B细胞抗原位点的可能性最高。通过对A型FMDV VP1蛋白结构功能的预测,综合分析在16~29、100~108、132~145、196~202区段存在B细胞抗原位点的可能性最高,结果为了解我国FMDV流行情况提供数据支持。依据以上结果,本猪场使用高质量口蹄疫苗进行免疫,结合生物安全等措施控制口蹄疫取得良好额效果。