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兰科植物作为一类仅次于菊科的大类植物,具很高的观赏与药用价值。兰科植物的种植条件十分苛刻,极易受到外界因素的干扰而破坏其生长培育。近几年来,由于对兰科植物的观赏价值与药用价值的利用于发展。国内与国际上成立了许多重要的兰科植物保护基地,形成了大型的兰科植物花卉市场。然而在兰科植物的培育过程中,作者发现对其品质影响十分重要的因素是病虫害。其中虫害主要危害植株,而病害影响更为严重;主要的病原微生物有真菌、细菌,病毒,而真菌侵染是危害最为严重的一种微生物,同时也是最为普遍的其中一种微生物。由于兰科植物极易受到病原微生物的侵染,从而严重影响到兰科植物的价值。因此收集、了解、明确兰科植物上的主要病原真菌的分类地位尤为重,同时也可为兰科植物的有效培育提供一定的基础保障。该研究自2015年至2016年,从我国西南地区的3个省(直辖市)份(广西,重庆,贵州)的兰科植物保护基地共采集了92份标本(包括石斛、石豆兰、兔耳兰、天麻、万代兰等)。在本研究中,主要分离得到了Colletotrichum,Neopestalotiopsis,Pestalotiopsis三个类群的病原真菌。对Neopestalotiopsis sp.的鉴定主要利用3个基因(ITS、β-tubulin、TEF)进行系统学分析;对Pestalotiopsis sp.微生物的研究,利用3个基因(ITS、β-tubulin、TEF)进行系统发育分析;但是对Colletotrichum sp.真菌主要利用6个基因(ITS、GPD、CHS-1、HIS-3、β-tubulin、Actin)进行系统分析,得出所分离菌株均与C.endophytica种聚于一支。本论文通过参照前人对病原菌的研究方法进行PCR扩增,测序。最后利用PAUP软件的最大简约(Maximum Parsimony)算法进行分子系统学研究,分别对所分离得到的菌株进行多基因系统进化树构建。通过形态学和分子系统学研究,准确界定所分离菌株的分类阶元。对分离菌鉴定得到Neopestalotiopsis sp.共15株,2个新种N.cymbidiumis sp.nov.,N.lancifoliumis sp.nov.,7个已报道种N.ellipsospora,N.samarangensis,N.foedans,N.asitica,N.surinamensis,N.saprophytica,N.clavispora,1个新纪录种N.protearum;Pestalotiopsis sp.共27株,2个新记录种P.chamaeropis,P.rosea,1个新种P.bulbophylli sp.nov.,1个已报道种P.trachicarpicola;共分离Colletotrichum sp.12株,5个未定种。本研究利用分子系统学与形态学相结合的分类鉴定分离菌,对于Neopestalotiopsis sp.与Pestalotiopsis sp.能够准确鉴定到种;Neopestalotiopsis sp.侵染兰科植物的种较多,主要是N.ellipsospora,N.samarangensis,N.foedans,N.asitica,N.surinamensis,N.saprophytica,N.clavispora,N.cymbidiumis,N.lancifoliumis;Pestalotiopsis sp.侵染兰科植物的种较少,主要是P.chamaeropis,P.rosea,P.Bulbophylli;但是Colletotrichum sp.没有产孢;仅仅利用分子系统学鉴定分离菌株均聚于一支。因此Neopestalotiopsis sp.,Pestalotiopsis sp.,Colletotrichum sp.均可以侵染兰科植物。本研究所有的菌株均保存在贵州大学植物病理实验室(HGUP)。