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第一部分先天性小耳畸形候选致病基因的筛选和验证目的：(1)应用Affymetrix SNP6.0芯片和直接测序验证相结合的方法,筛选先天性小耳畸形的候选致病基因。(2)检测中国Treacher Collins综合征患者TCOF1基因的突变情况。方法：(1)收集先天性小耳畸形患者112例,对其中的3例患者血液基因组进行Affymetrix SNP6.0芯片分析获得候选致病基因,然后在112例患者中对候选基因的外显子直接测序验证。(2)采用直接测序的方法对3例Treacher Collins综合征患者血液基因组中TCOF1所有外显子,外显子内含子交界区和5’端上游1200bp进行突变分析。结果：(1)经过生物信息学的分析筛选出5个候选致病基因MSX1, MSX2,GSC, HOXA2和PACT。(2)在112例患者中检测了GSC, HOXA2和PACT的外显子序列,检测出3个多态性改变和位于HOXA2的5’非翻译区的新发改变90G>GA和114A>AC,未发现致病突变。(3)在3个Treacher Collins综合征患者鉴定出12个TCOF1基因序列改变,包含4个新发的多态性改变-26T>A,17693G>A,21761-21765delCTCTC和21968G>T。结论：(1) GSC, HOXA2和PACT不是先天性小耳畸形的热点突变基因。位于HOXA2的5’非翻译区的新发改变的功能有待进一步研究。(2)未在3例TCS患者血液基因组中发现TCOF1基因的致病突变,Treacher Collins综合征患者可能存在其他致病基因或致病因素。第二部分畸形患耳组织中microRNA表达谱的研究目的：通过研究先天性小耳畸形患耳组织中microRNA异常表达情况,探讨其在先天性小耳畸形发生过程中的作用,为今后基因功能研究奠定基础。方法：收集先天性小耳畸形患耳组织19例和正常耳廓组织5例,选取4例患耳组织和2例正常组织,抽取总RNA,采用北京博奥公司的Affymetrix miRNA芯片检测microRNA表达情况,利用实时定量PCR技术对芯片结果验证,挑选出表达有显著差异的microRNA预测靶基因。结果：(1)芯片筛查出表达上调的microRNA有7个,分别是hsa-miR-16, hsa-miR-140-3p, hsa-miR-126, hsa-miR-185, hsa-miR-378, hsa-miR-451和hsa-miR-486-5p,表达下调的microRNA有5个,分别是hsa-miR-203, hsa-miR-205, hsa-miR-200c, hsa-miR-708和hsa-miR-1308.(2)实时定量PCR验证结果与芯片结果基本相符,差异有显著性的表达上调microRNA有hsa-miR-126和hsa-miR-451,差异有显著性的表达下调microRNA有hsa-miR-203, hsa-miR-205和hsa-miR-200c。(3)靶基因预测：hsa-miR-126的靶基因筛选后得到26个,hsa-miR-451的靶基因筛选后得到15个,其中有很多基因的功能是未知的。结论：建立了先天性小耳畸形microRNA表达谱,初步筛查出7个表达上调和5个表达下调的microRNA。采用实时定量PCR验证得到了5个表达差异有显著性的microRNA,证明芯片结果准确可靠。靶基因中有些基因的功能尚未有报道,本研究将挑选其中的基因继续进行动物模型实验,以研究未知基因的功能,探索与先天性小耳畸形发生的关系。