目前，天然动植物样品组成的复杂分析体系的定性定量技术已取得很大进展，但对于中药和烟草此类非常复杂体系，的化学成分还有待进一步研究。联用仪器及相关化学计量学的快速发展为这些复杂体系的分析提供了强有力的手段和广阔的前景。本文以实际中药和烟草体系为研究目标，利用化学计量学方法实现了对中药和烟草中化学成分的全面分析及指纹图谱研究。论文第一章为绪论，介绍了我国中药产业和烟草产业面临的问题和推行产业现代化的必要性，以及化学计量学中多元分辨技术和指纹图谱在复杂分析体系中的应用进展。在第二章中，我们借助化学计量学分辨和保留指数的方法，提出一个用气相色谱-质谱联用法定性定量分析仙鹤草中挥发油成分的方法。通过对仙鹤草挥发油化学成分的分析，为进一步研究和开发仙鹤草提供有利的科学依据。第三章，利用本实验室新近提出的交替移动子窗口因子分析法对不同产地不同品种千斤拔样本进行了较为详细的比较分析，结果说明，此法不仅解决了色谱峰严重重叠甚至被包埋的解析问题，而且在不同谱图的快速定性方面也取得了很好的效果。第四章用同时蒸馏萃取的方法分别提取了五个不同产地烟草中挥发性半挥发性成分，以气相色谱-质谱联用法和化学计量学多元分辨技术中的子窗口因子法对某一个地区的样品进行了定性定量分析，然后再采用正交投影分辨法鉴定出五个样品的共有组份。此方法的建立极大的节省了多样品的分析时间，定性分析时不用对五个样品的每个色谱峰都单独进行质谱相似性检索和分辨，能够很好的比较出不同产地烟草原料和不同卷烟成品的化学成分。第五章，使用了加速溶剂萃取方法对烟草中化学组分进行提取，同时为了更全面的提取出烟草中各类化学组分，我们采用四种极性不同的溶剂进行连续萃取，并用均匀设计方法对加速溶剂萃取的提取条件进行了优化，得到了较满意的结果。