由于行政诉讼法没有关于起诉期限是否适用确认协议效力问题的规定,请求确认行政协议无效诉讼的起诉期限问题在司法实践中存在三种判定思路。一、请求确认行政协议无效的起诉,受到起诉期限的限制。按照行政诉讼法第四十六条的规定进行审查。有些法院以审慎态度强调“行政诉讼法未作特别规定”,论证适用第四十六条的合理性。二、请求确认行政协议无效,当行政协议确实存在无效情形的,协议不受起诉期限的限制。理由分为两种,其一,2015年5月1日之后发生的行政协议案件,无效的行政行为自始无效,当然无效,不受起诉期限限制。而该时间之前的行政协议不予受理。其二,由于《行政诉讼法》并没有对确认无效之诉起诉期限作出明确规定,所以不受起诉期限限制。三、请求确认行政协议无效,当行政协议确实存在无效情形的,不受诉讼时效限制。理由也分为两种,其一,行政诉讼法没有规定的参照民事法律规范,故不受诉讼时效限制。其二,确认无效之诉属于形成权之诉,不受诉讼时效限制。三种判定思路存在问题。受起诉期限限制的裁判思路忽视无效的性质。产生这一观点的原因是考虑到若不受起诉期限的限制会存在滥诉的风险。但是法律以“重大且明显违法”明确规定无效的情形,较之一般的违法行为而言,其违法的程度更彻底、对相对人造成较大且不能挽回的损害,法院仅仅基于法的安定性以及社会稳定性裁判当事人的诉请超期而驳回起诉,适用统一的期限,可能导致确认之诉这一判决类型形同虚设。而不受起诉期限限制的裁判思路下,以特定时间节点为界不予受理确认无效之诉不合理。这一情况的出现是由于该过渡条款的内容影响到确认无效之诉的受理。该条款在设置较为笼统---“不予立案”,“一刀切”的立法方式并没有实际考虑到有利溯及这一例外。除前述问题外,起诉期限与诉讼时效制度存在适用界限不明的情况,这是由于立法的不明确影响确认协议无效关于起诉期限规则的适用。起诉期限的适用范围没有涵盖所有的行政诉讼情形,立法和司法谈到了行政诉讼法明确规定的行政协议诉讼类型的适用,并没有对确认效力类型进行进一步规定,因此是否可以适用,如何适用行政诉讼法起诉期限的规定就成为问题。因此,请求确认行政协议无效的起诉期限问题,应以无效实体审查优先为原则,因为确认无效之诉的定位影响无效审查的优先性。确认诉讼仅在于确认某种争议的法律状态,解决认识上存在的争议,并不会损害当事人权利,也不会影响诉讼功能的发挥。对于重大且明显违法的行政行为,原告可以直接提起确认无效之诉。但是需要区分无效诉讼请求内容的性质。其次,请求确认行政协议无效诉讼应以不受起诉期限限制为立场。从理论、立法以及司法实践的角度论证不受起诉期限限制的正当性。不受起诉期限限制参照民事法律规范。人民法院审理行政协议案件,可以参照适用民事法律规范关于民事合同的相关规定,折射出的实质是有关诉讼事项无行政法律规定的情况下可以参照民事的立法精神。换句话说,请求确认行政协议无效,即便其无效实体内容的性质进行了区分,对于程序法上的期限问题,应比照无效的民事合同的规定,不受起诉期限限制。