正常DMPK基因CTG序列多态性初探及强直性肌营养不良1型microRNA表达谱的生物信息学分析

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目的:1.初步分析正常DMPK等位基因CTG序列拷贝数的分布特点,丰富对中国汉族人CTG序列多态性的认识。2.基于芯片平台筛选强直性肌营养不良1型患者肌肉组织中异常表达的microRNA和基因,通过生物信息学方法分析差异microRNA与差异基因间的相互作用关系,探索microRNA在DM1中参与的重要功能和通路,为阐明microRNA在DM1发病机制中的作用提供更直接的科学依据。方法:1.采用三重引物PCR(triplet primed PCR, TP-PCR)对53名临床拟诊为DM1的患者及8名无症状亲属行基因诊断,分析正常DMPK等位基因CTG拷贝数的分布趋势。2.选取4例来自DM1患者的活检肌肉标本为实验组,4例来自骨科手术病人的正常肌肉标本为对照组,通过RNA提取、microRNA芯片和全转录本芯片检测,筛选出两组间的差异microRNA和差异基因;利用TargetScan6.2预测差异microRNA的靶基因,并对差异基因进行功能及信号通路的显著性分析;将显著性功能和信号通路所对应的差异基因与靶基因进行对比,找出交集基因,探索其与microRNA间的相互作用关系。结果:1.53名DM1患者和8名无症状亲属中共检出69个正常DMPK等位基因,所含CTG拷贝数从5到32不等。其中CTG拷贝数为11的频率最高(23.19%),其次为5拷贝(18.84%),12拷贝(14.49%),8拷贝(13.04%)和13拷贝(13.04%),大等位基因(CTG≥19)的出现频率为8.70%。2.建立了DM1患者肌肉组织microRNA和基因的差异表达谱:⑴筛选出差异表达的已知microRNA23个(上调6个,下调17个,fold-change>2,p<0.05);⑵差异基因135个(上调23个,下调112个,fold-change>2,p<0.05)。3.差异基因的显著性功能(Gene Ontology, GO)分析发现173个显著性功能(p<0.05),其中上调基因显著性功能77个,主要包括细胞分化、神经系统发育和多细胞有机体发育;下调基因显著性功能96个,主要包括RNA剪切、mRNA转运和转录调节。4.显著性信号通路分析得到32条显著性信号通路(p<0.05),其中上调基因显著性信号通路11条,主要包括Wnt信号通路、Notch信号通路、黑素生成和糖酵解/糖异生等;下调基因显著性信号通路21条,主要包括剪切体、DNA复制、RNA降解、胰岛素信号通路和细胞周期。5. MicroRNA与显著性靶基因的功能调控网络显示10个microRNA处于调控的关键位置,所调控的靶基因参与了多细胞有机体发育、RNA聚合酶II启动子介导的转录调节和RNA剪切等功能。结论:1.正常DMPK基因CTG序列在中国人群中的分布特点及DM1的流行病学特征需要进一步行多地区、多民族的大样本研究加以明确。2.再次证明microRNA在DM1中存在着异常表达,并且可能参与调控部分在DM1中处于重要地位的功能和信号通路。
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