苹果(Malus domestica)是蔷薇科苹果属乔木。具有栽培适应性强、果品营养价值高、耐贮性好以及可以周年供市等优点,苹果已成为消费量最大的水果种类之一。苹果斑点落叶病是一种世界性的真菌病害,在全球的苹果产区普遍发生,该病对苹果的质量和产量影响很大,严重时常造成早期落叶。因而,挖掘抗性基因及胁迫相关基因开展抗病育种具有重要理论价值和实践意义。NBS(Nucleotide-binding-site)基因作为重要的抗病基因,为筛选出适合不同逆境环境条件下的植株具有重要的意义。本文通过对苹果斑点落叶病病菌侵染‘红星’的转录组数据进行分析,筛选出19个差异表达的NBS-encoding基因。通过对这19个基因的理化性质分析、共表达网络构建、表达模式分析、以及系统进化树分析,挖掘到三个与其他基因都存在显著相关性的基因(MDP0000210357、MDP0000240537和MDP0000291205)。除此之外还找到三个在苹果斑点落叶病病菌侵染下高表达的基因(MDP0000259862、MDP0000304378、MDP0000292810)。为了更深入地研究不同苹果品种对于苹果斑点落叶病的响应,我们比较两个广泛种植的苹果品种‘金冠’和‘红星,的叶片在苹果斑点落叶病病菌侵染下的病菌变化以及内部NBS-encoding基因表达研究,结果表明‘金冠’较‘红星,先出现病斑,但是‘红星’在侵染后期感染症状更严重。基于qRT-PCR数据,我们研究了 12种NBS-encoding基因在响应苹果斑点落叶病病菌侵染中的表达。通过测定基因表达量,我们发现12个NBS-encoding基因都参与了两个苹果品种的响应。除此之外,我们还对这12种NBS-encoding基因的编码蛋白的结构,染色体位置和物理化学性质进行了探究。具有最高表达量的两个基因(MDP0000292810、MDP0000127009)可作为有价值的候选基因,为优质抗病苹果新种质的遗传改良和定向选育提供理论依据和技术参考。