2015年3月习近平总书记主持召开中共中央政治局会议,正式把军民融合发展上升为国家战略,并提出形成“全要素、多领域、高效益的军民深度融合发展格局”。资本融合与组织融合是军民融合的重要体现,二者会直接影响军工企业资本结构与公司治理,进而通过对军工企业企业经营成本以及对公司各利益主体权利关系的构造影响企业经营与决策,并进一步影响军工企业绩效。因此本文试图在军民融合视角下考察资本结构与公司治理各项指标对军工企业绩效的影响,厘清三者之间的关系,从而为优化我国军工企业资本结构、改善公司治理、提升企业绩效提供建议。本文以我国军工上市公司为研究对象,在对资本结构、公司治理与企业绩效相关理论进行系统分析基础上,对军民融合背景下我国军工企业资本结构、公司治理与企业绩效发展进行了细致的描述,并提出相关实证研究假设,文章分别选取2003-2015年以及2011-2015年相关数据,采用实证回归模型研究了上市军工企业资本结构、公司治理与企业绩效的关系以及军民融合政策以来对军工企业三者关系的效果分析。实证结果显示,军工企业资本结构与治理机制对企业绩效有着紧密的联系,多数研究假设得到了准确的应证,但在某些方面,却表现出截然相反的结果,且军民融合前后呈现出较大变化。结果显示,军工上市企业资产负债率与企业绩效显著负相关,国有军工企业长期负债比例与企业绩效由军民融合前负相关变为不显著的正相关关系,而民参军企业则显著正相关;公司治理方面,第一大股东持股比例、股权制衡度与企业绩效显著正相关;董事会规模与企业绩效由军民融合前负相关变为正相关,但董事长与总经理两职分离与企业绩效负相关,民参军企业尤其显著;国有上市军工企业董事会独立性与企业绩效由军民融合前显著正相关变为不显著的负相关关系,而民参军企业董事会独立性与企业绩效显著正相关;激励机制方面,国有军工企业管理层持股由负向相关变为正向显著相关,民参军企业在1%水平下显著负相关,国有军工企业管理层薪酬由负向不显著变为正向显著相关。军工企业资产负债率与管理层薪酬交互项显著为正,说明提高军工企业资产负债比率可以改善公司治理,从而对企业绩效形成正向影响,而制造业企业结果则正好相反。最后,文章根据实证结果的分析,分别从资本结构、股权结构、董事会治理与管理层激励四个方面为优化我国军工企业资本结构、改善公司治理、提升企业绩效提供了一些建议。