【摘 要】
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珠子参（Panax japonicus var.major）为多年生草本五加科人参属药用植物珠子参或羽叶三七的干燥根茎,具有“抗动脉硬化,改善血脂、血压和血糖”等功效。目前关于珠子参的研究主要与化学成分相关,其基因组数据还未见报道。基于二代和三代测序技术,本文获得了珠子参的细胞器和核基因组数据,并结合转录组数据对核基因组进行注释和比较基因组学分析,分析结果揭示了珠子参细胞器与细胞核基因组的特点,同
【基金项目】
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云南省重大科技专项计划（生物医药类）2017ZF001:三七系列标准研究制定及标准化示范基地建设； 国家自然科学基金NSFC地区科学基金项目（31960134）:基于全基因组深度重测序的三七栽培居群表型变异研究； 中央本级重大增减支项目（2060302）:人参属植物种质资源圃建设及其生态适应性研究；
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珠子参（Panax japonicus var.major）为多年生草本五加科人参属药用植物珠子参或羽叶三七的干燥根茎,具有“抗动脉硬化,改善血脂、血压和血糖”等功效。目前关于珠子参的研究主要与化学成分相关,其基因组数据还未见报道。基于二代和三代测序技术,本文获得了珠子参的细胞器和核基因组数据,并结合转录组数据对核基因组进行注释和比较基因组学分析,分析结果揭示了珠子参细胞器与细胞核基因组的特点,同时进行了水平基因转移分析。评估确定该基因组属于高杂合,高重复基因组。（1）组装结果显示,核基因组大小为2.26 Gb,GC含量为35.73%,所有contigs均大于1 Kb。基因组组装质量评估总共测试了1614个基因,基因的完整度达到80%以上。基因结构注释共计发现t RNA 2046条,其中标准t RNA 1636个。本研究共鉴定得到DNA转座子共计195258条,长度共计0.02 Gb。（2）叶绿体基因组全长为156159 bp,AT占比61.93%,为标准四分体结构。珠子参线粒体基因组由3个长度分别为288009 bp、173383 bp和94358 bp的环状DNA分子组成,AT占比分别为55.32%/54.40%/55.55%。（3）叶绿体中共有50条重复序列,线粒体中共有150条重复序列。（4）叶绿体和线粒体基因组中共鉴定得到43个SSR。（5）预测出叶绿体基因组中有144个RNA编辑位点。线粒体基因组中共计216个RNA编辑位点。（6）本研究验证了珠子参与竹节参、羽叶三七的亲缘关系最近。（7）比对共得到23个与Cp基因组相似的Mt基因组片段,其中有17个在线粒体中都没有功能,剩下6个为t RNA。Mt1,Mt2和Mt3分别得到7/5/11个片段。（8）叶绿体和线粒体基因密码子的偏好可能主要受到低GC含量和AT末端密码子的偏好性影响。
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