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短丝木犀（Osmanthus serrulatus Rehd.）又名宝兴桂花,是木犀科（Oleaceae）少见的春季开花种类之一,为我国特有种,通常分布于海拔1800-2400 m的常绿阔叶林中。由于短丝木犀种子存在隔年萌发现象,自然野生种群更新缓慢,加之人为破坏严重,野生群体遭受严重威胁,目前仅在四川的东拉山、峨眉山、西岭雪山等中高海拔山地有零星片状分布,其中东拉山群体是迄今为止世界上发现的面积最大的野生桂花群体。目前对短丝木犀的研究较少,掌握短丝木犀的遗传多样性信息是了解其濒危原因、制定有效保护措施及良种选育的最基本前提。本文在广泛的野外调查基础上,收集了13个短丝木犀群体共330个个体,利用18对SSR引物对短丝木犀的遗传结构和遗传多样性进行了分析,为短丝木犀不同群体的遗传变异与分化提供分子证据,并为实现该物种的有效保护以及合理开发奠定基础。主要结论如下:从转录组测序获得的2435对短丝木犀引物中随机抽取了100对,筛选出了15对多态性强且稳定性好的引物（目的片段长度在110bp-280bp）,用于群体遗传结构和遗传多样性分析,占随机引物总数的15%。结合15对筛选出的引物及3对通用引物,18对SSR引物在物种水平上共检测到166个等位基因,平均等位基因数（NT）为9.222,平均有效等位基因数（Ne）为4.141,Shannon信息指数（I）均值为1.513,观测杂合度（Ho）均值为0.218,期望杂合度（He）均值为0.694,Nei’s遗传多样性指数（H）均值为0.838,说明短丝木犀群体富有较高的遗传多样性。而在群体水平上,各群体的有效等位基因数介于3.3094.477之间,各群体的观测杂合度在0.1210.404之间,且均低于期望杂合度,说明不同群体间的多态性水平存在较大差异,且杂合体较少。13个短丝木犀群体遗传多样性从高到低依次为:汉源2群体>大邑1群体>芦山2群体>汉源3群体>汉源1群体>宝兴2群体>峨眉山群体>金口河群体>宝兴3群体>大邑2群体>宝兴4群体>宝兴1群体>芦山1群体。分析表明位于短丝木犀天然分布区的中心地带的群体其遗传多样性较高,也表明群体遗传多样性的高低与人类活动的干扰程度有着直接的关系。群体的基因分化系数(Fst)为0.095,仅有9.5%的遗传变异是在群体间的,90.5%的遗传变异发生在群体内。13个短丝木犀群体间基因流（Nm）为3.240,表明群体间的基因交流较为密切,遗传分化程度小。瓶颈效应分析表明,有4个群体（JKH、D1、HY1、LS1）经历了近期的瓶颈效应。Mantel检验结果说明短丝木犀群体间遗传距离和地理距离存在一些相关性（r=-0.15155）;UPGMA聚类显示宝兴县的几个居群地理距离较近的首先聚为一支,进一步说明了地理隔离对短丝木犀群体间遗传分化有影响。STRUCTURE分析结果与UPGMA聚类结果略有差异。330个短丝木犀个体共分为4组,其中的41个个体存在着一定程度的谱系混杂现象,进一步说明了群体之间存在着基因交流。主成分分析（PCoA）的结果与STRUCTURE分析的一致。研究结果表明短丝木犀群体的遗传多样性水平较高,具有较大的进化潜力,因此,遗传因素不是其群体数量减少的原因。主要原因可能是物种自身对环境的适应性等原因（如雌雄异株,结子量低;种子生理后熟,天然萌发困难;对环境要求高,群体适应能力差等）及人为干扰（如生境破坏、过度开采等）。建议采取的策略是就地保护与迁地保护兼顾,对于遗传多样性高的群体进行优先保护。同时,还要加大宣传力度,提高保护意识,减少人为干扰。