科技是推动社会高质量发展的第一动力。近年来,国家高度重视科技的发展,财政科技支出稳步增加,2020年达到10095亿元。然而规模如此庞大的科技资金却频繁出现资金拨付慢、管理不到位、资金挪用浪费、绩效目标未实现等问题,引发社会公众的关注。科技专项资金绩效审计是提高资金使用效率的一种手段,但是当前审计也存在着一些问题,比如缺乏科学评价方法、审计结果公开不全面等等。已有关于科技专项资金绩效审计的文献没有围绕科技专项资金的特点展开全面系统的研究,提出具体的评价指标体系和评价标准的文献更是匮乏。因此,围绕科技专项资金绩效审计展开研究不仅重要而且必要。本文首先梳理了国内外科技专项资金、财政专项资金绩效审计和科技专项资金绩效审计的文献,阐述了本文的理论基础,包括委托代理理论、“4E”理论和技术效率理论。其次,分析了我国科技专项资金绩效审计的现状。在此基础上,提出了科技专项资金绩效审计的实施框架,并运用构建的实施框架对A市科技专项资金绩效审计案例进行分析,将实施框架与案例进行对比,提出案例存在如下四类问题:一是在审计主体上专业背景较单一、专家咨询利用少;二是在审计方法上数据分析少、缺乏信息化手段;三是在审计评价上评价指标不完善、未分类评价;四是在审计结果与运用上披露程度不足。最后,针对我国科技专项资金绩效审计现状和案例存在的问题提出了相应的对策建议。本文创新之处在于:一是抓住科技专项资金的特点,分类展开研究。二是按照资金的运行环节分别设立了审计目标,并在此基础上构建了较为具体的评价指标体系,能更加全面地评价科技资金绩效水平。