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毛壳科Chaetomiaceae和小囊菌科Microascaceae是子囊菌中两个较大的腐生类群，分布广泛，生境和形态多样。它们都能降解纤维素，一些种能引起植物病害、动物甚至人的疾病，与人类的生产生活关系密切。尽管它们的分类地位较远，但是由于他们具有相似的生境和某些形态共性，在实践中易被混淆。近来分子系统学研究表明Microascaceae目前属一级的分类系统不能完全反映其自然演化关系。 本研究共采集和收集到来自我国21个省（市、自治区）的土壤、植物残体、动物粪便、弃纸、弃布、等基物共2083份。经过分离获得222株菌。对所分离的部分菌株进行了较系统的形态学研究。鉴定和描述了3科，10属，28种。其中Chaetomiaceae 5属，21种:Chaetomium、Achaetomium、Thielavia、Emilmuelleria和Chaetomidium; Microascaceae 4属，6种:Kernia、Microascus、Lophotrichus和Petriella;此外还有Xylariaceae 1属:Ascotricha。其中Chaetomidium fimeti和Ascotricha distans这两个闭囊壳真菌为中国新记录种。Ascotricha distans为国内首个该属无孔口的种，我们分离到的菌株呈现出了形态多样性，丰富了该种的概念。 论文通过28S rDNA序列对Microascaceae进行了分子系统学分析，探索了Microascus和Kernia属间和种间的系统发育关系，对科内属一级的分类标准给予了评价。分子系统学结果显示Microascus和Kernia都不属于单系演化群。子囊果是否具有孔口不适合用于Microascaceae属一级的划分，子囊孢子的芽孔数目作为两属的区别特征应该被重视。Kernia应被限定为子囊孢子具有2个芽孔的物种。基于形态学和分子学结果，我们将Kernia hyalina移入Microascus，建立1个新组合种Microascus hyalinus comb.nov.，该种为中国新记录种。并描述了Microascus 1个新种，为国内首个Microascaceae新种。