蓝氏贾第鞭毛虫简称贾第虫，是一种较常见的肠道鞭毛原虫，可引起包括人在内的多种脊椎动物腹泻。生活史有滋养体和包囊阶段，其感染阶段为成熟包囊，通过粪-口途径感染。　　目的:一是为了了解新疆吐鲁番地区托克逊乡村五所小学的小学生感染贾第虫流行情况。二是为了了解小学生感染贾第虫的基因型及亚型，来探索不同地域贾第虫分离虫株基因之间的蓝氏贾第鞭毛虫的相互关系。　　方法:通过采集五所小学共762份粪便样本，经直接涂片法及碘液染色法检查是否感染贾第虫病，病原学检测确定分离虫株阳性样本;对小学生感染贾第虫病粪便内蓝氏贾第鞭毛虫的磷酸丙糖异构酶(tin/tpi)基因进行基因检测和基因序列分析。　　结果:共检测762份粪便样品，检获32个贾第虫分离虫株，总感染率为4.20％(32/762)。其中为19个分离虫株为集聚体A型，11个分离虫株为集聚体B型。　　结论:此次流行病学调查贾第虫病感染率与以往调查有所不同，而且不同地点感染贾第虫感染率不同;人群感染蓝氏贾第鞭毛虫分离虫株种之间的进化关系不受不同地理区域分布的影响，而分离虫虫株亚种之间可能受不同地理区域分布的影响有差别。同时感染分离虫株的遗传多样性分析A-I亚型占多数，表明新疆吐鲁番地区贾第虫病流行可能是动物到人的传播模式。