本研究以在研新药项目的特点为切入点,将项目投资决策过程看作是一系列的实物期权。首先详细考察对比了实物期权各种估值模型,对比了这些估值模型的优缺点,另一方面,也详细介绍了目前在新药交易过程中主要采用的交易模式-项目许可交易模式,在这个过程中,也对项目进行估值的方法也做了详细介绍。其次,也对当下,对新药项目及其整个审批及各临床实验环节做了说明,并详细介绍了各环节的法律法规、成本构成、人员构成、成功率、风险构成以及在交易中各项预付款、里程金、以及可能的合作开发模式(共同开发、共同营销、共同推广)。在以上基础上对项目面临的不确定性和相应的期权进行匹配,选择成熟的实物期权的二叉树法模型,建立在研新药项目的估值模型和决策框架。同时考选取交易实例,基于实物期权的在研新药项目投资的二叉树法估值模型对所进行的项目进行估值和评估。另一方面,就交易双方对设定的交易条款进行详细评估,设计了合适的交易条款,保证项目在公平价值分享的原则下顺利进行。并对模型进行数值求解与敏感性分析,同时对比其他方法的求解结果,验证该模式应用于在研新药投资决策过程中的合理性和真实性。在本研究进行过程中,通过Excel建立了一整套完整的计算模版,同时使用嵌套公式的方法,使计算模版实现一定程度的自动计算。为公司新药、新医疗器械研发过程中融资、技术转让、技术投资入股、研发产品线管理、技术侵权索赔和兼并收购活动提供有力的支持。