内部控制体系对于任何企业而言都十分重要,国内学术界对这方面的研究也较多,不过通过分析与总结发现,多数学者在研究的时候都是围绕单纯事业单位或者单纯公司制内部控制体系进行的,只有很少学者研究事业单位转企改制内部控制建设方面的内容。事业单位转企改制后,原来的治理结构、经营模式、管理机制等都发生了变化,因此其内部控制体系也应当进行适当完整和调整。由于使命目标不同,事业单位内部控制体系与企业存在诸多差异,长期运行中的惯性思维,导致事业单位转企改制后无法适应市场风险,制约了单位的发展。为此,深化事业单位转企改革中,需要同时完善内部控制机制。本文在分析的时候主要运用了案例研究法,将浙江FZ企业作为具体案例,从COSO内部控制理论入手进行探究,对其改制之后内部控制的现实情况进行了解,聚焦其关键问题,总结内部控制难点,提出优化措施,以便尽快适应转企改制后的管控需要。研究发现,浙江FZ虽然初步建立了内部控制体系,但是内部控制基础薄弱,未建立全面的风险评估体系,内部沟通不畅,预算及其执行情况和采购及资产管理函待完善。本文针对上述问题及成因,提出相应的优化措施。针对事业单位转企改制现状,结合案例研究成果,本文得到以下主要研究结论:（1）事业单位转企改制后,内部控制整体层面的优化措施主要有:首要的是完善公司法人治理体系,优化内部控制环境;健全企业管理制度,强化人员培训、科研能力、监督体系;构建风险预警体系及突发事件应急处理机制;加强管理信息系统建设,完善信息沟通系统。（2）由于没有市场经验,事业单位转企改制后,内部控制业务层面的基础都比较薄弱,但预算管理业务有一定基础,通过对预算管理的加强,可把全部业务活动整合到全面预算管理系统中,完善业务层面的内部控制。