运用比较优势原理来调整农业产业结构是农产品比较优势研究的主要目的。本文在对重庆市主要农产品生产进行比较优势分析的基础上，运用数据包络模型来对重庆市农产品生产效率进行测定和评价，以此为基础合理的进行农业结构调整。论文首先对相关领域国内外研究成果进行了综述，比较了多种研究方法，最后选择了综合比较优势指数法以及国内资源成本系数法。在分析重庆市农业产业结构的现状后，本文运用上述两种方法全面测算并比较了重庆与全国其他省市主要农产品的国内资源成本系数DRCC、效率比较优势指数EAI、规模比较优势指数SAI以及综合比较优势指数AAI，找出重庆市具有比较优势的农产品包括稻谷、豆类、薯类、麻类、烤烟、蔬菜、猪肉、家禽以及淡水鱼。然后运用数据包络模型对重庆市37个区县（渝中区除外）主要农产品的投产出效率差异进行分析，测算出37个区县生产资源配置效率以及冗余度，发现重庆市各区县对各农产品的投入都有或多或少的冗余，通过进一步分析发现劳动力和资本投入过多而技术不高是造成冗余的主要原因。最后找出了重庆市农业产业结构调整存在如农业产业结构单一、农业投入不足，基础设施薄弱等问题，并给出农业产业结构调整的初步方案。