湾区经济作为区域经济发展过程中出现的一种高级形态,创新性、协调性和开放性是国际著名湾区的典型特征。粤港澳三地山水相邻,是我国实行改革开放基本国策后最早推动区域合作的地区,同时也是在“一国两制”这一特殊制度背景下的区域合作典型。粤港澳三地的经济合作在过去的40年里取得丰硕的成果和不凡的成就,40年后的今天随着粤港澳大湾区的提出和上升到国家战略,推动三地深度融合发展是当下和未来一段时期粤港澳大湾区建设的核心任务。理清制约粤港澳大湾区深度融合发展的深层次制度和体制机制问题,紧扣融合发展需要,进行推动粤港澳大湾区深度融合发展的制度创新研究具有重要的理论和现实意义。本文将对区域合作理论和制度创新理论进行系统的梳理并且对两者进行结合分析,在对现有文献回顾的基础之上,阐述区域合作理论和制度创新理论的内在关系和理论基础。通过对粤港澳大湾区的发展历程、发展现状和战略定位等进行分析研究,梳理推动粤港澳大湾区深度融合的制度需求。同时结合国际著名湾区和欧盟等典型区域合作成功案例进行经验借鉴和总结,结合粤港澳大湾区的特殊性与普遍性提出切实可行的政策建议:粤港澳大湾区需要在“一国两制”框架下进一步的改革开放,在解放思想、尊重利益的前提下寻求框架内的最大公约数,从顶层设计、缩小体制机制差异和消除区域内要素流动障碍等方面进行制度创新。