蝙蝠是多种新发和再发人兽共患病毒的自然宿主,当前已发现的蝙蝠病毒超过200种。目前我国已发现的蝙蝠有7科33属135种,主要分布于我国华中、华南、西南等人口密集、气候湿热的地区。本课题组前期调查研究表明,广西地区蝙蝠种类丰富且携带多种人兽共患病毒,而新疆蝙蝠种类单一数量较少,所携带病毒也存在明显的地域特征。为了进一步挖掘广西和新疆蝙蝠携带病毒的本底数据和该地区病毒的流行情况,本研究利用病毒宏基因组学对广西11种268只蝙蝠和新疆1种122只蝙蝠样品进行了病毒组学研究,并对蝙蝠小型环状DNA病毒进行检测、全序列扩增和关键蛋白编码基因的遗传分析,以揭示蝙蝠相关病毒跨种跨域传播途径,为防止蝙蝠病毒跨境传播、防范新发病毒病提供了重要的基础数据。通过实验,获得的结果如下;1.通过测序,在2016年广西11种268只蝙蝠样品中获得了 49个病毒科的reads,其中包括了脊椎动物病毒、植物病毒、昆虫病毒和噬菌体,分别占总病毒reads的83.0%、1.2%、0.4%、15.5%。2.对小双节RNA病毒、杯状病毒、多瘤病毒和丙肝病毒等4种病毒的重叠序列进行遗传进化分析发现:(1)广西可能存在2种新的小双节RNA病毒和杯状病毒;(2)多瘤病毒展示了与宿主共进化特征,肝炎病毒在蝙蝠中有着丰富的遗传多样性,可能存在一个变异株。3.对蝙蝠样品中HBV、BcV、RVA、AstV CoV、RV等6种病毒进行检测和进化分析发现:(1)广西蝙蝠携带AstV具有普遍性,出现在了每个采样点和多个蝙蝠品种中;(2)小黄蝠具有复杂的病毒本底,携带有AstV、CoV、RVA和RV等4种病毒,而其它蝙蝠都不超过2种;(3)肝炎病毒株与浙江和贵州的毒株存在着区域相互传播;博卡病毒的进化与宿主有一定的关系;轮状病毒能跨种传播到人,或与人源的轮状病毒发生一定重排;星状病毒能够在不同的蝙蝠中传播、并且也能在蝙蝠和其他动物(啮齿和猪)中传播;弹状病毒与本课题组之前发现的毒株和目前已经报道的毒株显著的进化差异足以使其成为新的病毒属的代表成员;冠状病毒在蝙蝠中具有一定的物种偏向性,CoV-FCRA23与新发现的猪急性腹泻病原体的HKU2或者SADS CoV具有很高的同源性,提示防城港地区养猪业也面临着该病毒的威胁。4.在新疆蝙蝠样品中扩增到1株双环病毒、50株圆环病毒和5株指环病毒基因组全序列,在广西地区样品中扩增到3株双环病毒、3株圆环病毒和8株指环病毒基因组全序列,并通过进化分析发现了2种新的双环病毒、3种新的圆环病毒、4种新的指环病毒。(1)双环病毒:在广西蹄蝠和新疆普通伏翼蝠发现该病毒拓展了其蝙蝠宿主范围;根据ICTV新种的界定,广西3株和新疆1株可能各是一种新双环病毒。(2)圆环病毒:在新疆获得的50株根据编码区域不同分为2种类型,且可能存在1种新的圆环病毒株,其余毒株是该毒株的变异株;在广西蝙蝠中发现3株圆环病毒,属于2种新圆环病毒。(3)指环病毒:在新疆获得的5株可能为1个新种,在广西获得的8株可能为4个新种。本次发现的指环病毒与已报到的指环病毒结构不同,仅仅只包括一个ORF,可能属于一种未分类的环状病毒。结论:(1)利用病毒宏基因组学技术分析了桂越边境地区蝙蝠携带病毒的群落结构,丰富了该地区病毒的本底数据;并分析了小双节RNA病毒、杯状病毒、多瘤病毒和肝炎病毒等10种病毒的遗传多样性及部分病毒的跨种或跨域传播的可能性。(2)通过PCR在新疆蝙蝠样品中扩增到1株双环病毒、50株圆环病毒和5株指环病毒基因组全序列,在广西地区样品中扩增到3株双环病毒、3株圆环病毒和8株指环病毒基因组全序列,并通过多序列比较分析发现可能存在2种新的双环病毒、3种新的圆环病毒、4种新的指环病毒。